人类蛋白质组计划

人类蛋白质组计划Human proteome project,缩写:HPP)[1]是由人类蛋白质组组织(HUPO)[2]协调的合作计划,目标是通过实验观察所有从人类基因组翻译序列产生的蛋白质

人类蛋白质组计划
HUMAN PROTEOME PROJECT
内容
有機體智人
相關信息
研究中心人类蛋白质组组织(HUPO)
实验室多个
访问入口
网站www.thehpp.org
www.c-hpp.org
網絡服務地址NextProt REST
GPMDB REST
工具
其他

历史

人类蛋白质组组织已成为许多长期运行的蛋白质组学研究项目的协调机构,这些研究项目与临床兴趣的特定人体组织有关,如血浆[3][4][5],和尿[6]。它还负责与蛋白质大规模研究相关的具体技术[7]和标准[8]

在科学文献中,将平行于人类基因组计划的一个更大项目的结构和目标被辩论[9][10][11][12][13]。经过2009年、2010年和2011年世界大会和一系列会议,人类蛋白质组组织将人类蛋白质组计划分为两个子项目C-HPP和B/D-HPP进行[14]。其中C-HPP将分成25工作组,每个人类染色体1个工作组。而B/D-HPP将按照蛋白质的生物学和疾病相关性进行分组[15]

项目和工作组

当前设定的工作组列举如下(取自www.c-hpp.org页面存档备份,存于互联网档案馆)),按照染色体顺序排序。

染色体组长所属机构国家或地区
1Fuchu He中国
2Lydie Lane瑞士
3Toshihide Nishimura日本
4Yu Ju Chen台湾
5Rainer Bischoff荷兰
6Paul Keown加拿大
7Mark Baker澳大利亚、新西兰
8Pengyuan Yang中国
9Je-Yoel Cho韩国,汉城
10Joshua Labaer美国
11Jong Shin Yoo韩国
12Visith Thongboonkerd印度、新加坡、台湾、泰国
13Young Ki Paik韩国
14Jérôme Garin法国
15Gilberto B Domont巴西
16Fernando Corrales西班牙
17Bill Hancock美国
18Alex Archakov俄国
19Gyorgy Marko Varga瑞典
20Siqiu Liu中国
21Daniel Figeys加拿大
22Charles Lee美国
XTadashi Yamamoto日本
YHosseini Salekdeh伊朗
MTAndrea Urbani意大利

计算资源

由Eric Deutsch领导的、美国西雅图系统生物研究所(PeptideAtlas英语PeptideAtlas)的小组正在提供基于MS/MS的蛋白质组学结果的数据简化、分析和验证。与抗体方法相关的数据处理由在瑞典斯德哥尔摩的Kalle von Feilitzen(Human Protein Atlas)进行协调。在瑞士日内瓦SIB的Lydie Lane负责整体整合和报告信息(NeXtProt英语NeXtProt)。生成的所有数据都存入ProteomeXchange英语ProteomeXchange数据库,作为HPP贡献的一部分。

现状

正在进行的按照染色体为基础的人类蛋白质组计划是《蛋白质组研究杂志》(Journal of Proteome Research)特刊(2014年1月3日,第13卷,第1期)的主题。整个项目的状态是在该期上的社论讨论[16]

一个单独的CHPP-维基页面存档备份,存于互联网档案馆)已经被该项目的生物信息学组建立维护当前项目的信息,包括会议、活动、标准操作程序和其他特殊资源的个体染色体团队。

与蛋白质观察相关的置信水平的指标是本项目的关键组成部分。如何定义对所使用的各种实验协议有意义的指标是正在进行的辩论的主题:目前的共识度量已经被发布[17]

描述项目最新状况的杂志文章,并宣布推出“Missing ProteinPedia”可以在这里被发现[18][19]

参阅

参考资料

外部链接

  1. (英文)HPP project page (www.hupo.org)页面存档备份,存于互联网档案馆
  2. (英文)HPP web site (www.thehpp.org)页面存档备份,存于互联网档案馆
  3. (英文)Chromosome-centric HPP web site (www.c-hpp.org)页面存档备份,存于互联网档案馆
  4. (英文)BD HPP web site (www.thehpp.org/BD-HPP.php)