Pochettino profesyonel futbol hayatına Newell's Old Boys kulübünde başladı ve 1994-95 sezonunda İspanya'nın Espanyol takımına transfer oldu. 2000 yılındaki Copa del Rey şampiyonluğuna katkısı oldu.
Ocak 2001'de Pochettino Paris Saint-Germain'in yolunu tuttu. 2003-04 sezonunda ise Fransa'da kalıp Bordeaux'ya transfer oldu. Sezonun sonunda Espanyol'a geri döndü.[1] İki buçuk yıllık bir sözleşme imzaladı. 34 yaşında olmasına rağmen düzenli olarak forma giymeye devam etti ve 2005-06 sezonunda yine Copa del Rey'i aldılar.[2]
Ocak 2009 sonlarında Pochettino Espanyol'un teknik direktörü oldu. O sezon alt sıralardan üçüncülüğe kadar yükseltse de,[3] ligi 10. sırada bitirdiler. Sezonun sonunda sözleşmesini üç yıl daha uzattı.
2009-10 sezonunun sonunda ligi 11. sırada bitirdiler.
28 Eylül 2010'da, sözleşmesini bir yıl daha uzattı.[4]