Mario Puzo växte upp i området Hell's Kitchen i New York i en siciliansk familj. Under andra världskriget tjänstgjorde Puzo inom US Army Air Forces och var stationerad i Östasien och Tyskland. Efter militärtjänstgöringen studerade Puzo vid New School of Social Research, New York och Columbia University, där han tog lektioner i litteratur och skrivande. 1946 gifte han sig med Erika Broske som han fick fem barn med.
Hans första bok, Mörk Arena, gavs ut 1955. Under sitt liv hann Puzo skriva 12 böcker, varav de mest kända var de om den amerikanska maffian. Tillsammans med Francis Ford Coppola skrev Puzo manuset till tre filmer baserade på hans bästsäljareGudfadern. Filmerna har vunnit flera priser, bland annat en Oscar för bästa manus.
Puzo dog i juli 1999 av en hjärtattack, 78 år gammal, efter att ha färdigställt manuskriptet till sin sista bok Omertá som gavs ut 2000. Sina sista år i livet tillbringade Puzo med att samla material till en bok om familjen Borgia, en av italienska renässansens mäktigaste familjer. Boken vid namn The Family, som aldrig översatts till svenska, färdigställdes senare av kollegan Carol Gino.