50 de echipe au fost împărțite în 10 grupe, fiecare echipă jucând cu toate adversarele din grupă câte două ori, o dată acasă și o dată în deplasare. Zece echipe câștigătoare ale grupelor s-au calificat automat la Euro 2004, iar alte zece echipe ce au terminat calificările pe locul doi în frupele lor, au jucat la baraj pentru a determina ultimile 5 echipe calificate.
Portugalia s-a calificat automat la turneul final din postura de gazdă a competiției.
Coeficientele de calificare au fost pe locul șase în lista de criterii pentru a separa echipele care au terminat egal la puncte în grupa lor în Euro 2004. Coeficientele au fost calculate ca puncte câștigate pe meci în calificare atât pentru Euro 2004, cât și pentru Cupa Mondială 2002.
As of 2012, this is the last time that Poland fails to qualify for the final tournament.
Similarly, as of 2012, this is the last time that Bulgaria and Latvia qualify for the final tournament (though the latter's participation was also the first).