A classificação mais atualizada é a do Christenhusz et al. 2011[1][2][3] (basada en Smith et al. 2006,[4] 2008[5]); que também fornece uma sequência linear das licófitas e monilófitas.
Subclasse I. Lycopodiidae Bek., Kurs Bot. 1: 115 (1863).
1–3 géneros, quizás más. (Huperzia Bernh., Lycopodiella Holub, Lycopodium L., el género Phylloglossum Kunze está incluido en Huperzia (Wikström & Kenrick 1997) ) Referencias: DiMichele & Skog (1992), Herter (1949–1950), Markham et al. (1983), Øllgaard (1975, 1979, 1987, 1990), Wagner (1992), Wikström (1999), Wikström et al. (1999).
Ordem B. Isoetales Prantl, Lehrb. Bot.: 116 (1874).
Géneros de posición taxonómica desconocida: †Clevelandodendron, †Isoetites, †Nathorstianella, †Otzinachsonia, †Pleuromeia, †Porostrobus, †Wexfordia
1 família viva
Família 2. Isoetaceae Reichenb., Bot. Damen : 309 (1828).
1 género Isoëtes. Referencias: Hoot et al. (2004, 2006), Rydin & Wikström (2002), Schuettpelz & Hoot (2006), Taylor & Hickey (1992), Taylor et al. (2004).
O agrupamento Lycopsida apareceu e diversificou-se em várias ordens durante o Devónico.[6] Tomando em conta os grupos extintos, pode ser postulada a seguinte filogenia:[7][8]