County of Flandres, AR maille, atacou em Ypres sob Balduíno IX, Conde de Flandres.
Em 1194 morre a mãe de Balduíno, Margarida I da Flandres, e em 1195, o pai, Balduíno V de Hainaut. Balduíno herda - com título de Balduíno IX de Flandres - uma Flandres com um território muito reduzido, pois o seu tio Filipe cedera à irmã de Balduíno, a rainha Isabel de Hainaut, o condado de Artois quando esta se casou com o rei Filipe II de França, e apesar da rainha ter falecido em 1190, o rei francês mantinha o condado em nome do filho que tivera com Isabel, o futuro Luís VIII de França.
Foi devido a esse problema que Balduíno centrou os seus primeiros oito anos de governo na recuperação de Artois. O Tratado de Péronne, assinado em janeiro de 1200, cedia a Balduíno a maior parte desse território. Um mês depois da assinatura do tratado, Balduíno embarcou numa nova cruzada, na qual partiria em 1202, e deixou a esposa grávida, com uma filha de dois anos. Mas nem a cruzada impediria que, em 1204, Maria deixasse os seus filhos sob a custódia do cunhado e partisse ao encontro do esposo, no Oriente. Entretanto, a reconquista de Constantinopla para o imperador bizantino Isaac II Ângelo beneficiou o Império Bizantino´, mas quando Isaac se negou a pagar aos cruzados os serviços prestados, estes viraram-se contra o imperador e saquearam a cidade. Tanto Isaac como o seu filho morreram. Foi neste contexto que Balduíno e os outros cruzados fundaram o Império Latino. Em 1261, o Império Bizantino reconquistaria Constantinopla e o Império Latino extinguir-se-ia. Os descendentes do último imperador, Balduíno II, usaram apenas o título, não governando efectivamente.
No início, a coroa do novo império foi oferecida a Enrico Dandolo, mas o candidato mais óbvio era o líder da cruzada, Bonifácio de Montferrat, mas, graças ao apoio do bando veneziano de Dandolo, a 9 de Maio de 1204 Balduíno foi eleito imperador e coroado uma semana depois. A esposa de Balduíno soube das notícias da coroação, mas faleceu em Agosto, antes de os esposos se poderem reunir.
Os bizantinos, com a ajuda dos búlgaros, revoltaram-se e apoderaram-se de Adrianópolis (a actual Edirne). Balduíno pôs cerco à cidade, mas foi atacado pelo rei búlgaro Joanitzes e feito prisioneiro. Durante as tentativas do Papa Inocêncio III de libertá-lo dos búlgaros, Balduíno foi afogado pelos guardas da prisão, em 1205.
Em Julho de 1206, os latinos de Constantinopla foram informados que Balduíno estava morto. O seu irmão,Henrique da Flandres acompanhara-o à Terra Santa. Sucedeu ao irmão como imperador latino.
Do seu matrimónio com Maria de Champanhe teve os seguintes filhos: