Mianem zagrożenia biologicznego określa się organizmy lub substancje pochodzenia organicznego, które stanowią zagrożenie dla zdrowia człowieka. Mogą to być odpady medyczne, np. mikroorganizmy, wirusy lub toksyny (pochodzenia biologicznego), które mogą zagrażać życiu człowieka. Zagrożeniem biologicznym mogą być również substancje stanowiące zagrożenie dla zwierząt. Substancje takie są oznaczane specjalnym symbolem (patrz obraz powyżej ). Substancje te stanowią zagrożenie w użytkowaniu, dlatego nie powinny być użytkowane przez osoby nieznające procedur obchodzenia się z nimi. Symbol zagrożenia biologicznego zakodowany w systemie Unicode ma kod U+2623.
Substancje stanowiące zagrożenie biologiczne podczas transportu mogą być oznaczone 4 kodami (Numer UN):
UN 2814 – substancje zakaźne działające na ludzi
UN 2900 – substancje zakaźne działające na zwierzęta
UN 3373 – preparaty diagnostyczne, preparaty kliniczne lub substancje pochodzenia biologicznego
Zagrożenie biologiczne poziomu 1. – Pożyteczne bakterie i wirusy z rodzaju Bacillus substilis, Escherichia coli, varicella, które nie są zakaźne. W tym poziome zagrożenie biologiczne jest minimalne. Zazwyczaj takie odpady są usuwane razem (chociaż zalecane jest oddzielnie) z innymi śmieciami. Procedury dekontaminacji na tym poziomie są podobne jak współczesne metody z oczyszczania z wirusów. W środowisku laboratoryjnym wszystkie materiały mające kontakt z bakteriami i/lub kulturami bakterii są oczyszczane w autoklawie.
Zagrożenie biologiczne poziomu 2. – Różne bakterie i wirusy o średniej zaraźliwości dla człowieka, lub które są trudne w unieszkodliwieniu aerozolem w laboratorium, np. wirusy WZW typu A, B lub C, wirus grypy typu A, bakterie powodujące boreliozę, salmonella, wirus świnki, odry i HIV.