Przedsiębiorstwo powstało w roku 1953 bez związku prawnego i kapitałowego z istniejącymi przed wojną liniami Deutsche Luft Hansa Aktiengesellschaft. Do roku 1990 samolotom Lufthansy nie wolno było latać do Berlina Zachodniego.
Lufthansa była pierwszym przewoźnikiem, który wprowadził do swojej floty samoloty Boeing 737 i jedynym, który zakupił wersję 737-100 tych samolotów. Od 17 maja 2004 roku Lufthansa jest także uczestnikiem programu Connextion firmy Boeing, który umożliwia pasażerom korzystanie z Internetu również na pokładzie samolotów tej firmy. Lufthansa była pierwszym przewoźnikiem, który przystąpił do tego programu.
Airbus A340-300 w starym malowaniu Lufthansy
W czerwcu 2003 roku Lufthansa otworzyła nowy terminal lotniczy w Monachium, aby odciążyć swój główny port we Frankfurcie. Międzynarodowy port lotniczy im. Franza Josefa Straußa jest jednym z pierwszych w Europie terminali będących częściowo własnością linii lotniczych. 22 marca 2005 roku Lufthansa połączyła się ze szwajcarskim przewoźnikiem Swiss.
20 stycznia 2015 roku linie lotnicze Lufthansa odebrały pierwszego Airbusa A320neo. 12 lutego zaprezentowano pierwszy raz nowe samoloty na oficjalnej prezentacji dla mediów z lotem demonstracyjnym. Uroczystości połączone były z czterdziestą rocznicą współpracy Airbusa i Lufthansy. Plany zakładają użytkowanie 71 zamówionych samolotów A320neo i 45 sztuk A321neo. Zamówienie uwzględnia przekazanie części maszyn dla przewoźnika Swiss[3].
W 2017 roku Lufthansa została pierwszą europejską linią lotniczą, której Skytrax przyznał najwyższe, pięciogwiazdkowe odznaczenie dla najlepszych przewoźników lotniczych na świecie. W 2022 roku ranking Lufthansy został obniżony do czterech gwiazdek[4].
W maju 2023 roku Grupa Lufthansy ogłosiła, że zawarła porozumienie z włoskim Ministerstwem Gospodarki i Finansów w sprawie przejęcia 41% udziałów ITA Airways[5]. W styczniu 2024 roku Komisja Europejska wszczęła dochodzenie mające zweryfikować, czy nie wpłynie to negatywnie na konkurencję na wybranych trasach[6].