Mapa Poloniae et Ungariae z 1554 z zaznaczonymi Czerkasami pod nazwą Czerkasi
Roku 1662 w mieście i w futorach mieszkało 1000 rodzin kozackich wolnych, które władzy starostów, a tym samym Rzplitej ulegać nie chciały. W zamku była katolicka kaplica. Mikołaj Potocki roku 1643 naznaczył w Czerkasach miejsce na kościół i klasztor XX. Dominikanów. Fundacya jego dla wojen nie przyszła do skutku. Do starostwa należały 3 miasta i 18 wsi. Książę Hieronim Sanguszko, wojewoda Wołyński był w 1765 r. Czerkaskim starostą. Przynosiło mu 130 000 złp. dochodu. Dwór starosty był w pięknem miejscu nad Dnieprem. Kozacy, jak wiemy z początku nie mieli żadnej organizacyi, nawet stałego przytułku. Stefan Batory r. 1578 dał im za Bohusławiem Trechtymirów z przyległościami, zamek zaś oddał na skład broni i pomieszczenie starszyzny. Odtąc miéć zaczęli hetmanów, oboźnego i pisarza, i obowiązani byli dawać 6000 ludzi regestrowych na służbę Rzplitej. Bohdan Różyński był ich hetmanem. (...)[3]
W dniu 22 maja 1593 roku podczas powstania Kosińskiego zamek starosty Aleksandra Wiśniowieckiego obległy oddziały powstańcze, jednakże szybkie przeciwuderzenie wyprowadzonej z zamku jazdy rozgromiło Kozaków i doprowadziło do śmierci Kosińskiego i upadku powstania.
Podczas okupacji hitlerowskiej, 12 października 1941 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 7000 osób. W grudniu 1941 roku Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowali. Sprawcami zbrodni było Einsatzkommando 5[10].
W 1943 roku Czerkasy były ważnym punktem łączności dla wojsk niemieckich (w mieście znajdował się jeden z czterech mostów kolejowych prowadzących przez Dniepr, miał on znaczenie strategiczne). Gdy wojska radzieckie zbliżyły się do miasta, most został częściowo zniszczony. W wyniku działań porucznika 7. Brygady Kolejowej Armii Czerwonej most został uratowany przed całkowitym zniszczeniem, a następnie odbudowany[11].
14 grudnia 1943 roku miasto zostało wyzwolone przez oddziały 254 Dywizji Strzeleckiej we współpracy z innymi oddziałami Armii Czerwonej[12].
Odbudowa miasta rozpoczęła się po zakończeniu walk i była kontynuowana podczas czwartego planu pięcioletniego (1946–1950)[13]. Od 1954 miasto było stolicą obwodu.
W 1991 wraz z ogłoszeniem niepodległości Ukrainy, miasto znalazło się automatycznie w granicach Ukrainy.
W Czerkasach zawsze dominowała ludność prawosławna. Ze spisu powszechnego z 1765 wynika, że w tym czasie w Czerkasach były 3 cerkwie i 2 monastyry, żydowska bóżnica i przyzamkowa kaplica katolicka ufundowana w 1673 r. przez Michała Potockiego, nad którą opiekę sprawowała parafia moszneńska. Z danych ze spisu z 1910 r. wynika, że na ogólną liczbę 39 000 mieszkańców rzymscy katolicy byli czwartą, po prawosławnych, staroobrzędowcach i żydach grupą wierzących, liczącą 300 osób[15].
W 1997 biskup kijowsko-żytomierski Jan Purwiński erygował rzymskokatolicką parafię pw. Zwiastowania Najświętszej Maryi Pannie w Czerkasach. Do parafii tej należało pod koniec 2012 r. ok. 200 osób[15].