Müller var blitt jaktet av flere av Europas storklubber da Torino kjøpte ham i 1988. Til tross for klubbens ambisjoner, endte den første sesong hans i klubben med nedrykk. På sommeren 1989 avslo Torino et tilbud fra Juventus. Oppholdet hos Torino ble preget av en rekke displinære problemer og skriverier i mediene om familiære problemer. Etter at hans elleve mål bidro til at Torino rykket opp på første forsøk, førte ustabile prestasjoner til at han på høsten i 1990 ble satt ut av laget.[3] På nyåret 1991 hadde Torino fått nok, og lot ham forlate klubben for å vende tilbake til São Paulo.[4][5]
Med São Paulo opplevde han betydelig sportslig suksess. Han bidro til at laget ble søramerikanske mestere ved å vinne Copa Libertadores i 1992 og 1993, hvilket kvalifiserte laget for finalen i Intercontinental Cup der Barcelona ble slått i 1992 og Milan i 1993.
I januar 1997 forlot han São Paulo til fordel for italienske Perugia. Klubbens president Luciano Gaucci hadde ansatt Nevio Scala som trener og hentet Müller for å styrke angrepet. Til tross for at Müller trivdes i Perugia, valgte han å forlate klubben for å vende tilbake til hjemlandet allerede i mars, da Santos tilbød en avtale som passet alle parter. Under det korte oppholdet hos Perugia spilte Müller seks seriekamper uten å score mål, hvorav han spilte én kamp fra start og resten som innbytter. Ved enden av sesongen rykket Perugia ned til Serie B.