Johan was de zoon van Theodosius II, zevende hertog van Bragança, en Ana van Velasco en Giron.
Hij leidde de opstand van de Portugezen in 1640 tegen het Spaanse gezag en werd koning van het opnieuw onafhankelijke land. De Portugese Restauratieoorlog duurde vanaf 1 december 1640 tot 1668. Hij benoemde de Nederlander Jan Ciermans tot hoofdinspecteur van vestingwerken om deze te moderniseren en te versterken tegen Spaanse aanvallen.
Johan was een verdienstelijk musicus en componist en de beschermheer voor een aantal componisten uit de school van Évora. Hij was waarschijnlijk een leerling van Manoel Cardoso met wie hij tot diens dood bevriend was. Johan zou de eerste versie van het lied "Komt allen tezamen" op papier hebben gezet.
Johan was in 1633 gehuwd met Marie Louise de Guzmán (1613-1666), dochter van Johan de Guzmán (1579-1638), hertog van Medina Sidonia, en werd de vader van: