Nombor Suruhanjaya Enzim
Nombor Suruhanjaya Enzim (nombor EC) ialah skema pengelasan berangka bagi enzim berdasarkan tindak balas kimia yang dimangkinkannya.[1] Sebagai sistem tatanama enzim, setiap nombor EC dikaitkan dengan nama yang disyorkan bagi tindak balas pemangkinan enzim sepadan.
Nombor EC tidak menyatakan enzim, tetapi tindak balas yang dimangkinkan enzim. Jika enzim yang berbeza (contohnya daripada organisma yang berbeza) memangkinkan tindak balas yang sama, maka mereka menerima nombor EC yang sama.[2] Tambahan pula, melalui evolusi konvergen, lipatan protein yang berbeza boleh memangkinkan tindak balas yang sama (ini kadangkala dipanggil enzim berfungsi sama bukan homolog),[3] dan oleh itu akan diberikan nombor EC yang sama. Sebaliknya, pengecam UniProt menentukan protein secara khusus mengikut urutan asid aminonya.[4]
Format nombor
Setiap kod enzim terdiri daripada huruf "EC" diikuti dengan empat nombor yang dipisahkan oleh noktah. Nombor tersebut mewakili pengelasan enzim yang semakin khusus. Nombor EC awal wujud dan mempunyai 'n' sebagai sebahagian daripada digit keempat (siri) (cth EC 3.5.1.n3).[2]
Sebagai contoh, aminopeptidase tripeptida mempunyai kod "EC 3.4.11.4", yang komponennya menunjukkan kumpulan enzim berikut:
- Enzim EC 3 ialah enzim hidrolase (enzim yang menggunakan air untuk memecahkan beberapa molekul lain)
- EC 3.4 ialah hidrolase yang bertindak terhadap ikatan peptida
- EC 3.4.11 ialah hidrolase yang memisahkan asid amino terminal amino daripada polipeptida
- EC 3.4.11.4 ialah yang memisahkan hujung terminal amino daripada tripeptida
Kod peringkat teratas
NB: Nombor pengelasan enzim adalah berbeza daripada 'NOMBOR FORMAT'
| Kelas | Reaksi dimangkin | Tindak balas am | Contoh enzim dengan nama lazim |
|---|---|---|---|
| EC 1 Oksidoreduktase | Tindak balas pengoksidaan/penurunan; pemindahan atom atau elektron H dan O daripada satu bahan ke bahan yang lain | AH + B → A + BH (penurunan) A + O → AO (pengoksidaan) | Dehidrogenase, oksidase |
| EC 2 Transferase | Pemindahan kumpulan berfungsi dari satu bahan ke bahan lain. Kumpulan itu mungkin kumpulan metil-, asil-, amino- atau fosfat | AB + C → A + BC | Transaminase, kinase |
| EC 3 Hidrolase | Pembentukan dua produk daripada substrat melalui hidrolisis | AB + H 2 O → AOH + BH | Lipase, amilase, peptidase, fosfatase |
| EC 4 Liases | Penambahan bukan hidrolitik atau penyingkiran kumpulan daripada substrat. Bon CC, CN, CO atau CS boleh dibelah | RCOCOOH → RCOH + CO 2 atau [X-A+BY] → [A=B + XY] | Dekarboksilase |
| EC 5 Isomerase | Penyusunan semula intramolekul, iaitu perubahan isomerisasi dalam satu molekul | ABC → BCA | Isomerase, mutase |
| EC 6 Ligase | Mencantumkan dua molekul melalui sintesis ikatan CO, CS, CN atau CC baharu dengan pecahan serentak ATP | X + Y + ATP → XY + ADP + Pi | Sintetase |
| EC 7 Translokase | Memangkinkan pergerakan ion atau molekul merentasi membran atau pemisahannya dalam membran | Pengangkut |
Persamaan tindak balas
Persamaan antara tindak balas enzim boleh dikira dengan menggunakan perubahan ikatan, pusat tindak balas atau metrik substruktur (dahulunya EC-BLAST, kini Portal Enzim EMBL-EBI).[6]
Sejarah
Sebelum pembangunan sistem nombor EC, enzim telah dinamakan dengan sewenang-wenangnya, dan nama yang memberikan sedikit atau tiada petunjuk tentang tindak balas yang dimangkin seperti "enzim kuning lama" dan "enzim malik" biasa diberi. Kebanyakan nama ini telah tidak digunakan, walaupun beberapa nama, terutamanya enzim proteolik dengan kekhususan yang sangat rendah seperti pepsin dan papain masih digunakan kerana pengelasan rasional berdasarkan pengkhususan adalah sangat sukar.
Menjelang tahun 1950-an, aneka penamaan sebegini menjadi terlalu ketara, dan selepas Hoffman-Ostenhof[7] dan Dixon dan Webb[8] telah mencadangkan skema yang agak serupa untuk mengelaskan tindak balas pemangkin enzim, Kongres Antarabangsa Biokimia di Brussels menubuhkan Suruhanjaya Enzim di bawah jawatan pengerusi Malcolm Dixon pada tahun 1955. Versi pertama diterbitkan pada tahun 1961, dan Suruhanjaya Enzim telah dibubarkan pada masa itu, walaupun namanya kekal dalam istilah Nombor EC. Edisi keenam semasa, diterbitkan oleh Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa (IUBMB) pada tahun 1992 sebagai versi terakhir yang diterbitkan sebagai buku bercetak, mengandungi 3196 enzim berbeza. Tambahan 1-4 diterbitkan pada 1993–1999. Tambahan seterusnya telah diterbitkan secara elektronik di laman web Jawatankuasa Tatanama Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa.[5] Pada Ogos 2018, IUBMB mengubah suai sistem dengan menambahkan kategori EC 7 di peringkat teratas bagi translokase.[9]
Rujukan
Pautan luar
- Nomenklatur Enzim, laman web berwibawa oleh Jawatankuasa Tatanama Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa, yang diselenggara oleh GP Moss
- Pangkalan data nomenklatur enzim — oleh ExPASy
- Senarai semua nombor EC — oleh BRENDA
- Semak imbas struktur PDB mengikut nombor EC
- Semak imbas domain SCOP mengikut nombor EC — mengikut dcGO
- Bandingkan nombor EC menggunakan EC-Blast Diarkibkan 2019-05-30 di Wayback Machine </link>