Klubs tika nodibināts 2009. gada 19. maijā.[2] Dalību Vācijas futbola līgu sistēmā sāka ar Oberlīgu (pēc spēka 5. līga), iegādājoties kluba Markranstädt licenci. Jau savā pirmajā sezonā izcīnīja 1. vietu Oberlīgas Ziemeļaustrumu grupā un iekļuva Vācijas Reģionālajā līgā. 2010. gadā klubs savas mājas spēles sāka aizvadīt Leipcigas Centrālajā stadionā, kas tika pārdēvēts par Red Bull Arena. 2013. gadā komanda uzvarēja Reģionālās līgas Ziemeļaustrumu zonā un tika paaugstināta uz 3. līgu. Pirmajā sezonā 3. līgā izcīnīja 2. vietu un iekļuva 2. Bundeslīgā.[3] Debijas sezonā 2. Bundeslīgā komanda ieguva 5. vietu, bet jau 2015.—2016. gada sezonā ierindojās 2. vietā un izcīnīja ceļazīmi uz Bundeslīgu.
Pirmajā Bundeslīgas sezonāRB Leipzig nezaudēja pirmajās 13 spēlēs, uzstādot jaunu līgas jaunpienācēju komandu rekordu.[4] Debijas sezonu noslēdza 2. vietā.
2020. gada 18. augustā klubs iekļuva vēsturē, piedaloties pirmajos Čempionu līgas pusfinālos, zaudējot pret Parīzes "Saint-Germain". 2020.—2021. gada sezonā otro reizi ieguva 2. vietu Bundeslīgā.