Kilo iš Bizantijos Paflagonijos srities prie Juodosios jūros pietinės pakrantės karinių aristokratų. Pirmasis žinomas Komninų giminės narys imperatoriaus Bazilijaus II Bulgarmušio karvedys Manuilas Erotikas Komninas. Dinastijos pradininku tapo imperatorius Izaokas I Komninas, buvęs rytinėse provincijose dislokuotos kariuomenės stratopedarchu (lauko vadu), 1057 m. sukilęs ir nuvertęs imperatorių Mykolą VI Stratiotiką.
Vėliau Komninų giminė išliko politiškai aktyvi, giminystės ryšiais susijusi su kitais Bizantijos valdančiaisiais. 1204 m. Konstantinopolį užėmus kryžininkams Androniko I Komnino vaikaičiai Aleksijus ir Dovydas pabėgo iš miesto į Komninų gimtinę Paflagoniją ir ten įkūrė Trapezundo imperiją. Ją valdė iki 1461 m., išskyrus 1340–1341 m., kai valdė Bazilijaus Komnino žmona Irena Paleologė. 1461 m. imperatorius Dovydas II Megas Komninas pasidavė turkų sultonui Mechmedui II.[1]