1990년 대통령 선거에서 소비에트 연방몰도바 소비에트 사회주의 공화국 대통령으로 선출되어, 1990년 9월 3일 취임했다. 원래 공산당원이었던 스네구르는 몰도바의 독립을 기원하였고 서쪽에서 승인을 요구했다. 몰도바는 1991년 8월 소비에트 연방에서 독립을 선언하였으나, 루마니아와의 통일에 반대한 것을 계기로 1991년 10월 몰도바 인민 전선과 결별하였다. 그 결과 무소속으로 1991년 12월 대통령 선거에 출마하게 되었다. 결국 대통령 선거에 당선되어 1997년까지 재임했으며, 1997년 1월 15일 퇴임했다.