EC нөмірі
Фермент комиссиясының нөмірі (EC нөмірі) - ферменттердің сандық жіктелу схемасы, олар катализдейтін химиялық реакцияларға негізделген.[1] Ферменттердің номенклатурасы жүйесі ретінде әрбір EC нөмірі сәйкес фермент-катализделген реакция үшін ұсынылған атаумен байланысты.
EC сандары ферменттерді емес, фермент катализдейтін реакцияларды көрсетеді. Егер әртүрлі ферменттер (мысалы, әртүрлі организмдерден) бір реакцияны катализдейтін болса, онда олар бірдей ЭК нөмірін алады.[2] Сонымен қатар, конвергентті эволюция арқылы мүлдем басқа ақуыз қатпарлары бірдей реакцияны катализдей алады (оларды кейде гомологты емес изофункциялық ферменттер деп те атайды)[3] және сондықтан бірдей EC нөмірі тағайындалады. Керісінше, UniProt идентификаторлары ақуызды аминқышқылдарының реттілігі бойынша бірегей түрде анықтайды.[4]
Санның форматы
Әрбір ферменттің коды «EC» әріптерінен, содан кейін нүктелермен бөлінген төрт саннан тұрады. Бұл сандар ферменттің біртіндеп жақсырақ жіктелуін білдіреді. Алдын ала EC нөмірлері бар және төртінші (сериялық) санның бөлігі ретінде «n» болады (мысалы, EC 3.5.1.n3).[2]
Мысалы, трипептидті аминопептидазалардың «EC 3.4.11.4» коды бар, оның компоненттері келесі ферменттер топтарын көрсетеді:
- EC 3 ферменттері гидролаза ферменттері (басқа молекуланы ыдырату үшін суды пайдаланатын ферменттер)
- EC 3.4 - пептидтік байланыстарға әсер ететін гидролазалар
- EC 3.4.11 - полипептидтен аминотерминалды амин қышқылын ажырататын гидролазалар
- EC 3.4.11.4 - трипептидтен амин-терминал ұшын ажырататындар
Жоғарғы деңгейдегі кодтар
| Сынып | Реакция катализделген | Типтік реакция | Тривиальды аты бар фермент мысалдары. |
|---|---|---|---|
| EC 1 Оксидоредуктазалар | Тотығу /тотықсыздану реакциялары; Н және О атомдарының немесе электрондардың бір заттан екінші затқа ауысуы | AH + B → A + BH(азайтылған) A + O → AO (тотыққан) | Дегидрогеназа, оксидаза |
| EC 2 Трансферазалар | Функционалдық топтың бір заттан екінші затқа ауысуы. Топ метил-, ацил-, амино- немесе фосфатты топ болуы мүмкін | AB + C → A + BC | Трансаминаза, киназа |
| EC 3 Гидролазалар | Гидролиз арқылы субстраттан екі өнім түзілуі | AB + H 2 O → AOH + BH | Липаза, амилаза, пептидаза, фосфатаза |
| EC 4 Лиаздар | Субстраттардан топтарды гидролитикалық емес қосу немесе жою. CC, CN, CO немесе CS байланыстары үзілуі мүмкін | RCOCOOH → RCOH + CO 2 немесе [X-A+BY] → [A=B + XY] | Декарбоксилаза |
| EC 5 Изомеразалар | Молекула ішілік қайта құрылымдау, яғни изомерлену бір молекуланың ішінде өзгереді | ABC → BCA | Изомераза, мутаза |
| EC 6 Лигазалар | АТФ бір мезгілде ыдырауымен жаңа CO, CS, CN немесе CC байланыстарын синтездеу арқылы екі молекуланы біріктіріңіз. | X + Y + ATP → XY + ADP + P i | Синтетаза |
| EC 7 Транслоказалар | Иондардың немесе молекулалардың мембраналар арқылы қозғалысын немесе олардың мембраналар ішінде бөлінуін катализдейді | Тасымалдаушы |
Реакция ұқсастығы
Ферменттік реакциялар арасындағы ұқсастықты байланыс өзгерістері, реакция орталықтары немесе ішкі құрылым көрсеткіштері (бұрынғы EC-BLAST), қазір EMBL-EBI фермент порталы) арқылы есептеуге болады.[6]
Тарих
EC санау жүйесі дамығанға дейін ферменттер ерікті түрде аталды және қандай реакция катализделгені туралы аз немесе мүлде анықтама беретін ескі сары фермент және алма ферменті сияқты атаулар кең таралған. Бұл атаулардың көпшілігі қолданыстан шығып қалды, дегенмен кейбіреулері, әсіресе пепсин және папаин сияқты спецификалылығы өте төмен протеолитті ферменттер әлі де қолданылуда, өйткені специфика бойынша рационалды жіктеу өте қиын болды.
1950 жылдарға қарай хаосқа төзгісіз сипатқа ие болды және Гоффман-Остенгоф және Диксон мен Уэбб ферменттер катализдейтін реакцияларды классификациялаудың біршама ұқсас схемаларын ұсынғаннан кейін Брюссельдегі Халықаралық биохимия конгресі ферменттер жөніндегі комиссияны құрды. 1955 жылы Малкольм Диксонның төрағалығы. Бірінші нұсқасы 1961 жылы жарияланды және Ферменттік комиссия сол кезде таратылды, бірақ оның атауы EC нөмірі терминінде сақталады. 1992 жылы Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағы басып шығарған қазіргі алтыншы басылымда 3196 түрлі ферменттер бар. 1-4-қосымшалар 1993-1999 жж. Кейінгі қосымшалар Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының номенклатуралық комитетінің сайтында электронды түрде жарияланды.[5] 2018 жылдың тамызында IUBMB транслоказалары бар жоғары деңгейлі EC 7 санатын қосу арқылы жүйені өзгертті.[7]
Сондай-ақ қараңыз
- EC нөмірлерінің тізімі
- Ферменттердің тізімі
- ТС нөмірі (мембраналық тасымалдау ақуыздарының классификациясы)
Дереккөздер
Сыртқы сілтемелер
- Фермент номенклатурасы, Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының номенклатуралық комитетінің беделді веб-сайты, оны GP Moss жүргізеді.
- Ферменттердің номенклатурасының мәліметтер базасы — ExPASy бойынша
- Барлық EC нөмірлерінің тізімі — BRENDA бойынша
- PDB құрылымдарын EC нөмірі бойынша шолыңыз
- SCOP домендерін EC нөмірі Мұрағатталған 21 ақпанның 2023 жылы. бойынша шолыңыз — dcGO бойынша
- сайтында Archived EC-Blast көмегімен EC нөмірлерін салыстырыңыз Мұрағатталған 30 мамырдың 2019 жылы.