Venne costituita nel 1935 come Schulverband (Unità da addestramento) con sede a Kiel sotto il comando di Kapitän zur See Kurt Slevogt (Chef des Schulverbandes).
Nel maggio del 1937 l'unità si trasferì a Neustadt e fu rinominata Unterseebootsschulflottille, ("Flottiglia della scuola sommergibili"), comandata dal Kapitänleutnant Heinz Beduhn.
Nel giugno 1940 fu rinominata 21. Unterseebootsflottille e nel luglio 1941 la flottiglia trasferì le basi a Pillau. L'unità fu infine sciolta nel marzo 1945.[1]