Kishida gaf kost á sér í forsetakjöri Frjálslynda lýðræðisflokksins í september 2021 eftir að flokksleiðtoginn og forsætisráðherrann Yoshihide Suga lýsti yfir að hann hygðist ekki sitja lengur. Hann vann sigur þann 29. september eftir kosningabaráttu á móti Taro Kono, sem stýrði aðgerðum stjórnvalda gegn COVID-19-faraldrinum, Seiko Noda, fyrrverandi jafnréttisráðherra, og þingkonunni Sanae Takaichi. Eftir kjör sitt á forsetastól hvatti Kishida flokksfélaga sína til að sýna Japönum að Frjálslyndi lýðræðisflokkurinn væri endurborinn og væri þess verður að fara áfram með stjórn landsmála.[3]
Japanska þingið staðfesti Kishida sem nýjan forsætisráðherra Japans þann 4. október 2021. Kishida hefur talað fyrir breytingum á efnahagsstefnunni sem Japan hefur fylgt frá því á stjórnartíð Shinzō Abe, sem Kishida vill meina að þjóni fyrst og fremst hagsmunum stórfyrirtækja.[4]
Kishida leiddi Frjálslynda lýðræðisflokkinn í kosningum þann 31. október 2021. Flokkurinn viðhélt hreinum meirihluta á japanska þinginu.[5]