肯尼亚航空成立于东非共同体解体、东非航空停业之后的1977年2月,[5]1996年前由肯尼亚政府全資所擁有。1986年,肯尼亚政府出版《一号会议文件》(Sessional Paper Number 1),指出国家经济发展的需要,强调航空公司私有化的观点,由此开始了对航空公司进行私有化的第一步尝试。1991年政府任命菲利普·恩德戈瓦(Philip Ndegwa)为董事会主席,下令对公司私有化。1992年出版《公共企业改革》文件出版,优先将肯尼亚航空公司私有化。1993-1994财年,公司实现首次盈利,同时,国际金融公司于1994年获准为私有化提供帮助。1995年,肯航重组债务,与荷兰皇家航空签署协议,由荷兰皇家航空收购其26%股份,成为最大的单一股东。1996年,股票公开发行,在内罗毕证券交易所上市;2004年10月在达累斯萨拉姆证券交易所上市。
2004年4月,货运公司分设商标;同年7月并入国内航线分部“弗拉明戈航空公司”(Flamingo Airlines)。2005年,公司更换标准涂装,原四条横贯机身的彩条更换为公司口号“the Pride of Africa”,“KA”尾标改为字母Q中包含着一个K,而KQ即公司代码。截止于2005年3月31日的年度决算中,税后收入比2003-2004年度翻了两番,达Kshs 38.82亿肯亞先令(约5400万美元),运送旅客逾200万人。2005-2006年度收入达48.3亿先令。[6]2006年3月,公司获得2005年“非洲年度航空公司”,是七年来第五次获此殊荣。[7]2006年(2006年4月-2007年3月)发送旅客人数创下新高,达260万人。[8]2007年9月4日,肯尼亚航空公司正式加入天合聯盟,成為非洲第二家加入航空聯盟的航空公司。[9]