Det er beskrevet tre underarter av flagrelerke[2]:
Mirafra rufocinnamomea buckleyi (Shelley, 1873) – forekommer i det sørlige Mauritania og fra Senegal til de nordlige Kamerun.
Mirafra rufocinnamomea serlei (C. M. N. White, 1960) – forekommer i det sørøstlige Nigeria.
Mirafra rufocinnamomea tigrina (Oustalet, 1892) – forekommer fra det østlige Kamerun til det nordlige DR Kongo.
Mirafra rufocinnamomea furensis (Lynes, 1923) – forekommer i det vestlige og sentrale Sudan.
Mirafra rufocinnamomea sobatensis (Lynes, 1914) – forekommer i det sentrale Sudan.
Mirafra rufocinnamomea torrida (Shelley, 1882) – forekommer fra det sørøstlige Sudan og det sørlige Etiopia til det nordlige Uganda, sentrale Kenya og den nordlige og sentrale Tanzania.
Mirafra rufocinnamomea rufocinnamomea (Salvadori, 1865) – forekommer i det nordlige og sentrale Etiopia.
Mirafra rufocinnamomea omoensis (Neumann, 1928 ) – forekommer i det sørvestlige Etiopia.
Mirafra rufocinnamomea kawirondensis (van Someren, 1921) – forekommer fra det østlige DR Kongo til det vestlige Uganda og vestlige Kenya.
Mirafra rufocinnamomea fischeri (Reichenow, 1878) – forekommer fra det østlige Angola til det sørlige Somalia, østlige Kenya, Tanzania og nordlige Mosambik.
Mirafra rufocinnamomea lwenarum ( C. M. N. White, 1945) – forekommer i det nordlige Zambia.
Mirafra rufocinnamomea smithersi (C. M. N. White, 1956) – forekommer Zambia til Zimbabwe, det nordøstlige Botswana og det nordlige Transvaal.
Mirafra rufocinnamomea mababiensis (Roberts, 1932) – forekommer fra det vestlige Zambia til det sentrale Botswana.
Mirafra rufocinnamomea pintoi (C. M. N. White, 1956) – forekommer fra det østlige Transvaal til det nordøstlige Natal, Swaziland og det sørlige Mosambik.