Fontenay oppstod i tida då Gallia eksisterte. Endinga «le Comte» skal ha vorte lagt til då byen vart teke av Kong Louis IX frå familien Lusignan og gjeve til bror hans Alphonse, greve av Poitou, som gjorde byen til hovudstad i Bas-Poitou. Etter traktaten i Brétigny i 1360 vart byen og området gjeve til England, men vart tatt tilbake i 1372 av Duguesclin. Han vart fleire gonger erobra under Hugenottkrigen på 1500-talet og byen vart lagt ned i 1621. Under opprøret i Vendée i 1793 vart han okkupert av både republikanarar og rojalistar. Frå 1790 til 1806 var han hovudstad i departementet Vendée.