De aanwezigheid van onder meer goud en zilver maakte van Owyhee vanaf de tweede helft van de 19e eeuw een van de dichtstbevolkte gebieden van Idaho, maar tegenwoordig is er nog maar nauwelijks mijnbouw en is de county juist dunbevolkt.
Het grootste gedeelte van Owyhee County bestaat uit tussen de bergen liggende woestijngebieden. De hoogste berg is Hayden Peak (2561 m), in Owyhee Mountains in het westen.
De rivier de Snake vormt het grootste gedeelte van de noordgrens van Owyhee County.