העיר ממוקמת בחלק המזרחי של אי אנדמן הדרומי והיא שער הכניסה העיקרי לאי הן בדרך הים, בנמל פורט בלייר, והן בדרך האוויר, בנמל התעופה ויר סאבארקר שנמצא 2 ק"מ דרומית מהעיר.
פורט בלייר נקראת על-שמו של סגן ארצ'יבלד בלייר מחברת הודו המזרחית הבריטית אשר בשנת 1789 ניסה ללא הצלחה ליישב את האי על ידי בריטים. פורט בלייר הוקמה מחדש בשנת 1858 כבית כלא לאסירים פוליטיים אשר התנגדו לנוכחות בריטניה בהודו. האסירים בכלא נדונו ברובם למאסר עולם תחת תנאים קשים ועבודת פרך. רבים מהם הוצאו להורג בתלייה ואחרים מתו מרעב, תשישות ומחלות.
בשנים 1896 עד 1902, כאשר התנועה לשחרור הודו גדלה וצברה יותר ויותר פופולריות, נבנה כלא חדש הנקרא בית הסוהר סלולר (בהינדית: काला पानी - "קָאלָה פָּאנִי", ובתרגום לעברית "מים שחורים"). כלא זה הכיל צינוק במקום תא מאסר. כיום, הכלא משמש כאתר תיירות וכאנדרטה לזכרם של האסירים הרבים שמתו בו.
בשנים 1943-1944, פורט בלייר הייתה מפקדה של צבא הודו.
בשנת 2004 ניזוקה העיר כמו כל האי מרעידת האדמה והצונאמי באוקיינוס ההודי. בזכות מיקומה של העיר בצד הצפון-מזרחי של האי, הפגיעה בעיר לא הייתה קטלנית כמו בחלקים הדרומיים של איי אנדמן וניקובר, והעיר אף הפכה לבסיס חילוץ אליו הביאו את הנפגעים וממנו נשלחו צוותי חילוץ למתן עזרה לאיים.