מועדון הכדורגל וויבודינה הוקם בשנת 1914 בעיר נובי סאד. צבעי המועדון נבחרו לאדום ולבן, כמו צבעיה של סלאביה פראג. הישגיה המשמעותיים ביותר של הקבוצה היו בתקופת יוגוסלביה, אז זכתה באליפות פעמיים (1966 ו-1989) וסיימה כסגנית האלופה שלוש פעמים (1957, 1962 ו-1975). בעונת 1967 העפילה וויבודינה העפילה לרבע גמר גביע אירופה (ליגת האלופות של ימינו) אך הפסידה לקבוצת גלאזגו סלטיק הסקוטית משער בדקה ה-90 של חלוצה של סלטיק, בילי מקניל. סלטיק, שבאותה העונה זכתה בתואר לאחר שניצחה בהמשך גם את אינטר מילאן בליסבון בגמר הטורניר, טענה כי היריבה הקשה ביותר מולה התמודדה באותה העונה הייתה וויבודינה.
כאחד המועדונים הבכירים ביוגוסלביה בזמנו וסרביה כיום, וויבודינה שיחקה מספר לא קטן של עונות במפעלים האירופיים, כאשר היא נתקלה בין השאר בחלק מהקבוצות הבכירות באירופה. הקבוצה שיחקה פעמיים מול קבוצות מישראל, הפעם הראשונה הייתה בעונת 1977, אז שיחקה מול קבוצת מכבי יפו בגביע האינטרטוטו, כמו כן שיחקה מול קבוצת הפועל תל אביב בגביע אופ"א בעונת 2008/2009.
בתקופה שלאחר פירוק יוגוסלביה הקבוצה זכתה פעמיים בגביע הסרבי.