Elle perd sa prépondérance économique et politique au profit de Thorn (Toruń) jusqu'à ce que la construction des lignes ferroviaires à Dantzig, à Schneidermühl (Piła) et à Thorn change les choses.
Quand la Pologne retrouve son indépendance en 1918, la ville lui est attribuée et reprend son nom polonais, bien que sa population soit majoritairement allemande (une masse d'Allemands se sont installés dans la ville pendant la période de partition polonaise afin de germaniser ces terres, il faut ajouter qu'avant les partitions de la Pologne, le pourcentage d'Allemands dans la ville était très faible). Après l'annexion à la Pologne en 1919, la plupart des Allemands quittèrent la ville et leur pourcentage tomba à environ 6 %.
En 1939, lors du Dimanche sanglant de Bydgoszcz, une partie de la communauté allemande de la ville est massacrée. Quelques semaines plus tard, en octobre 1939, les nazis utilisent ce prétexte pour faire massacrer 1 200 à 1 400 Polonais et juifs par les Selbstschutz et la Gestapo dans des fosses communes qu'on appellera la « Vallée de la mort ».
Lors de la réforme territoriale de 1999, le gouvernement polonais décide que la voïvodie de Couïavie-Poméranie aurait deux chefs-lieux, Bydgoszcz et Toruń, afin de ménager la fierté de leurs habitants.
Bydgoszcz fait partie de la métropole Bydgoszcz-Toruń, ces deux villes s'intègrent rapidement, et en 2003, l'Académie médicale de Bydgoszcz rejoint l'université de Toruń. Bydgoszcz est le siège de plusieurs universités et d'un musée de la diplomatie et de l'émigration polonaise. La Philharmonie Paderewski est réputée pour l'acoustique exceptionnelle de sa salle de concert[réf. nécessaire].
Bydgoszcz est desservie par l'Aéroport de Bydgoszcz (en polonais : Port lotniczy im. Ignacego Jana Paderewskiego Bydgoszcz-Szwederowo, code AITA : BZG, code OACI : EPBY).