Ο παρακάτω κατάλογος των κάστρων, των φρουρίων και των λοιπών οχυρωματικών μνημείων του Νομού Ρεθύμνου,[1][2][3][4] είναι ταξινομημένος κατά ουσιαστική αλφαβητική σειρά (χωρίς δηλαδή τα προθέματα ακρόπολη, κάστρο, καστέλι, πύργος, μπούρτζι κλπ).Σημαντικό ρόλο στην ανεύρεση, ανασκαφή, ανάδειξη, κήρυξη ως ιστορικά διατηρητέων και τη συντήρηση των οχυρωματικών μνημείων του νομού εκτελούν οι εξής υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού: ΚΕ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (ΚΕ’ ΕΠΚΑ),[5] που έχει έδρα τα Χανιά και αρμοδιότητα που εκτείνεται στους Νομούς Ρεθύμνου και Χανίων, η 28η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων (28η ΕΒΑ),[6] που έχει γραφεία στο Ρέθυμνο και στα Χανιά και αρμοδιότητα που εκτείνεται στους Νομούς Ρεθύμνου και Χανίων και η Υπηρεσία Νεωτέρων Μνημείων και Τεχνικών Έργων Κρήτης (ΥΝΜΤΕ Κρήτης), που έχει έδρα το Ηράκλειο Κρήτης και είναι αρμόδια για τους Νομούς Ρεθύμνου, Ηρακλείου, Λασιθίου και Χανίων.[7]
Φρούριο του Φράγματος,[80][81] θέση: περιοχή Φράγματος ποταμών Αμαρίου, Τοπική Κοινότητα Αμαρίου, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου
Οχύρωμα του Χαμαλευρίου Ρεθύμνου,[82] θέσεις "Μπλάνη" και "Τσικουργιανά", μινωικός & κλασσικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Χαμαλευρίου, Δημοτική Ενότητα Αρκαδίου, Δήμος Ρεθύμνης
Οχύρωμα Παλαιοκάστρου Χαμαλευρίου Ρεθύμνου,[83] θέση "Παλαιόκαστρον" και "Βάρδια", προϊστορικός οικισμός & ελληνορωμαϊκή πόλη, Τοπική Κοινότητα Χαμαλευρίου, Δήμος Ρεθύμνης
Οχύρωμα του Χατζαμέτη Ρεθύμνου,[84] θέση: ύψωμα "Χατζαμέτης", μινωικός & κλασσικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Χαμαλευρίου, Δημοτική Ενότητα Αρκαδίου, Δήμος Ρεθύμνης
Ακρόπολη Βιζαρίου,[107] αρχαία ελληνική πόλη, Τοπική Κοινότητα Βιζαρίου, Δημοτική Ενότητα Κουρητών, Δήμος Αμαρίου
Οχύρωμα της Βισταγής Ρεθύμνου,[108] ρωμαϊκός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Βισταγής, Δημοτική ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου, Μονή Ασωμάτων Ρεθύμνου
Οχύρωμα Βιρανεπισκοπής,[109] μινωικός οικισμός & αρχαία πόλη, Τοπική Κοινότητα Έρφων, Δημοτική ενότητα Αρκαδίου, Δήμος Ρεθύμνης, Βιράν Επισκοπή Ρεθύμνου
Πύργος των Βρυσών,[110][111] θέση Βρύσαι, Τοπική Κοινότητα Ακουμίων, Δημοτική Ενότητα Λάμπης, Δήμος Αγίου Βασιλείου, Βρύσες Ρεθύμνου
Πύργος του Γερωνυμάκη ή Πύργος του Κρασούνα,[112][113] στον Κρασούνα, περίοδος ενετοκρατίας, Τοπική Κοινότητα Χουμερίου, Δημοτική ενότητα Γεροποτάμου, Δήμος Μυλοποτάμου, Κρασούνας Ρεθύμνου
Ενετική Βίλα των Γκλόντιο,[114][115] διοικητικό κέντρο, περίοδος ενετοκρατίας, Τοπική Κοινότητα Αμνάτου, Δημοτική Ενότητα Αρκαδίου, Δήμος Ρεθύμνης, Πίκρης Ρεθύμνου
Οχύρωμα Γρίβιλα Ρεθύμνου,[116] θέση Γρίβιλα ή Γρίβαλα, προϊστορικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Περάματος, Δημοτική ενότητα Γεροποτάμου, Δήμος Μυλοποτάμου
Ιδαίο Άντρο,[132] θέση: οροπέδιο Νίδας, φυλάκιο Κουρητών στο κέντρο θρησκευτικής εξουσίας της μινωικής Κρήτης (χώρος ανατροφής του Δία), στο όρος Ίδη (Ψηλορείτης) της Κρήτης
Ακρόπολη Ιλλατίας & Ιλλατία,[133] μεταξύ Αλλαρίας και Συβρίτου
Οικία Σταύρου Καλλέργη στο Χουμέρι Ρεθύμνου,[134][135] επαναστατικό & διοικητικό κέντρο, όπου έζησε & έδρασε ο πρωτοπόρος σοσιαλιστής ηγέτης Σταύρος Καλλέργης (1865-1926), Τοπική Κοινότητα Χουμερίου, Δημοτική ενότητα Γεροποτάμου, Δήμος Μυλοποτάμου, Χουμέρι Ρεθύμνου
Οικία Σταύρου Καλλέργη στο Πέραμα Ρεθύμνου,[136][137] θέση "Μπραχήμω", επαναστατικό & διοικητικό κέντρο, όπου έζησε & έδρασε ο πρωτοπόρος σοσιαλιστής ηγέτης Σταύρος Καλλέργης (1865-1926), Τοπική Κοινότητα Περάματος, Δημοτική ενότητα Γεροποτάμου, Δήμος Μυλοποτάμου, Πέραμα Ρεθύμνου
Μινωική έπαυλη στο Καρτσάλι Ρεθύμνου,[138] θέση Καρτσάλι ή Λίμνη, περίοδος Χαλκοκρατίας, Τοπική Κοινότητα Αγίου Ιωάννου Αμαρίου, Δημοτική Ενότητα Κουρητών, Δήμος Αμαρίου
Οχύρωμα Ακρωτηρίου Κάστελλος Ρεθύμνου,[139][140] θέση: ακρωτηρίου Κάστελλος, Κοινότητας Ροδάκινου, μινωικός οικισμός, Δήμος Αγίου Βασιλείου
Οχύρωμα στα Κεφάλια Πατσού Ρεθύμνου,[141] θέση Κεφάλια, ρωμαϊκός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Πατσού, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου
Οχύρωμα στην Κορφή του Κουκκογιάννη,[144] θέσεις: Κορυφές Πετρί και Κορφή του Κουκκογιάνη, μινωικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Ελενών, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου
Οχύρωμα του Κωστέλη Ρεθύμνου,[145] θέση Κωστέλη, μινωικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Μυξόρρουμα, Δημοτική Ενότητα Λάμπης, Δήμος Αγίου Βασιλείου
Ακρόπολη Φαλάννας ή Ακρόπολη Φαλάννων & Φάλαννα ή Φαλάνναι,[188] επίσης Κλασικό ιερό, οικοδομήματα και αγροικία,[189] Τοπική Κοινότητα Αποστόλων, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου, Γένη Αμαρίου & Βένη ή Βένι ή Βενί Αμαρίου
Ακρόπολη Φαλανναίας & Φαλανναία,[190] Φάλαννα, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου, Γένη Αμαρίου & Βένη ή Βένι ή Βενί Αμαρίου
Ακρόπολη Φοίνικος Λαμπαίων[191][192] ή Ακρόπολη Φοίνικος Κρήτης & Φοίνιξ Λαμπαίων,[193] Αρχαιολογικός Χώρος Φοινικιάς - Σούδα - Βουκελάρης, Τοπική Κοινότητα Σελλίων,[194]Πλακιάς Αγίου Βασιλείου, Τοπική Κοινότητα Σελλίων, Δημοτική Ενότητα Φοίνικα, Δήμος Αγίου Βασιλείου, Πλακιάς Ρεθύμνου
Οχύρωμα του Χάρακα Μοναστηρακίου Ρεθύμνου,[195] θέση Χάρακας, μινωικός οικισμός, Τοπική Κοινότητα Μοναστηρακίου, Δημοτική Ενότητα Σιβρίτου, Δήμος Αμαρίου