Hristo Stoítxkov va debutar l'any 1981 en un equip de la 2a divisió búlgara, el Maritza Plovdiv, l'any següent va deixar l'equip per fitxar pel Zhevros Jarmanli.
A la temporada 1990-91 va ser sancionat durant més de mitja temporada per trepitjar a l'àrbitre Urízar Azpizarte. El 1995 va fitxar pel Parmaitalià, però un any més tard va retornar al Barça, equip que va deixar per a tornar al CSKA de Sofia el 1998. Després va jugar a l'Al-Nasr de l'Aràbia Saudita, en el Kashiwa Reysoljaponès, als Chicago Fire i finalment al DC United dels Estats Units, on va penjar les botes el 2004.
Ha estat guardonat amb la Bota d'Or, al costat del mexicà Hugo Sánchez l'any 1990, Pilota d'Or (1994) i segon millor jugador del món segons la FIFA el 1995. Està inclòs a la llista FIFA 100. El novembre de 2003 fou nomenat Golden Player de Bulgària com el futbolista del país més destacat dels darrers 50 anys.[3]
Amb la selecció del seu país va arribar a les semifinals de la Copa Mundial de Futbol de 1994. Després de 17 anys en la selecció, va jugar el seu últim partit amb el combinat búlgar enfront d'Anglaterra el 1999.El 2004 va assumir el càrrec de seleccionador nacional del seu país, càrrec que va deixar a mitja temporada 2006-2007 per assumir el càrrec d'entrenador del Celta de Vigo club amb el qual no va aconseguir la permanència i del que va dimitir el 8 d'octubre del mateix any al·legant motius personals.
El 2011 fou nomenat cònsol honorari de Bulgària a Barcelona.[4]