На 20 март 1848 г. Максимилиан II поема управлението в Бавария след като баща му абдикира. Малко след като поема трона той прави реформа на конституцията. Най-довереният му министър е този на външните работи – Лудвиг фон дер Пфордтен, който задържа поста от 1849 до 1859 г. В края на 1949 г. Максимилиан II създава министерство на търговията и обществените строежи.[1]
По време на управлението на Максимилиан II в Бавария са изградени железопътни линии, а в Мюнхен са построени сградите по булевард „Максимилианщрасе“ и Максимилианеумът. Мюнхен бива превърнат в първостепенен културен център.[2]
Максимилиан умира след тридневно заболяване. Той е погребан в странична капела на Театинската църква в Мюнхен.
Ulrike Leutheusser, Heinrich Nöth, „Dem Geist alle Tore öffnen“. König Maximilian II. von Bayern und die Wissenschaft, Allitera, München 2009, ISBN 3-86906-054-9.
Rainer A. Müller (Red.), König Maximilian II. von Bayern 1848 – 1864, Haus der Bayerischen Geschichte. Rosenheimer, Rosenheim 1988, ISBN 3-475-52589-5.
Martin Schäfer, Maximilian II., König von Bayern (= Heyne-Biographien. 168). Heyne, München 1989, ISBN 3-453-02620-9.
Achim Sing, Die Wissenschaftspolitik Maximilians II. von Bayern (1848 – 1864). Nordlichterstreit und gelehrtes Leben in München (= Ludovico Maximilianea. 17). Duncker & Humblot, Berlin 1996, ISBN 3-428-08674-0.