Dikirim ke Lyon oleh Charles de Gaulle untuk menyatukan gerakan perlawanan, dia menciptakan dan mengarahkan CNR. Dia ditangkap di Caluire-et-Cuire, di pinggiran kota Lyon, pada 21 Juni1943 dan dibawa ke markas Gestapo di Lyon, di mana dia disiksa. Dia kemudian dipindahkan ke Gestapo di Paris. Dia meninggal di kereta yang membawanya ke Jerman tak lama sebelum melintasi perbatasan, pada 8 Juli1943. Kematiannya terdaftar di stasiun Metz.[2]
Dianggap sebagai salah satu pahlawan utama Pemberontakan, dia dijadikan rekan pembebasan pada 1942, diangkat sebagai Brigadir Jenderal secara anumerta selama Pembebasan, kemudian Divisi Jenderal pada 1946.[3] Sebuah tugu makam dipersembahkan untuknya di Panthéon, jasadnya tidak pernah diidentifikasi dengan pasti, guci yang ada hanya berisi "abu dugaan" Jean Moulin.
Marnham, Patrick. The Death of Jean Moulin: Biography of a Ghost. John Murray: New York, 2001. ISBN0-7126-6584-6. Also published as Resistance and BetrayalISBN0-375-50608-X. 2015 edition published as Army of the Night, Tauris. ISBN9781784531089
Moulin, Laure. Jean Moulin. Presses de la Cité: Paris, 1982. (En préface le discours de André Malraux). ISBN2-258-01120-5
Noguères, Henri. La vérité aura le dernier mot. Seuil: Paris, 1985 ISBN2-02-008683-2
Péan, Pierre. Vies et morts de Jean Moulin. Fayard: Paris, 1998. ISBN2-213-60257-3
Storck-Cerruty, Marguerite. J'étais la femme de Jean Moulin. Régine Desforges: Paris, 1977. (Avec lettre-préface de Robert Aron, de l'Académie française). ISBN2-901980-74-0
Sweets, John F.. The Politics of Resistance in France, 1940-1944: A History of the Mouvements Unis de la Résistance. Northern Illinois University Press: De Kalb, 1976. ISBN0-87580-061-0
Taussat, Robert (1998). Jean Moulin : la constance et l'honneur de la République. Rodez: Fil d'Ariane. ISBN9782912470263. OCLC49281909.