Դենդրոգրամ

Դենդրոգրամը դիագրամ է, որը ներկայացնում է ծառ։ Այս դիագրամային ներկայացման ձևը հաճախ օգտագործվում է տարբեր համատեքստերում.

  • հիերարխիկ կլաստերավորման մեջ այն ցույց է տալիս կլաստերների դասավորվածությունը համապատասխան վերլուծություններով[4]։
  • հաշվարկային կենսաբանության մեջ այն ցույց է տալիս գեների կամ նմուշների կլաստերավորումը, երբեմն էլ ջերմային քարտեզների լուսանցքում[5]։
  • Ֆիլոգենետիկայում այն ներկայացնում է կենսաբանական տարբեր միավորների միջև էվոլյուցիոն կապերը։ Այս դեպքում դենդրոգրամը կոչվում է նաև ֆիլոգենետիկ ծառ։
Հիերարխիկ/աստիճանակարգային կլաստերինգի դենդոգրամ՝ նոդերի բարձրությամբ (ստացվել է մանրէների 5S rRNA հաջորդականության տվյալներից[1] ):
Ծովային նահանգների հիերարխիկ կլաստավորման դենդոգրամի արդյունքը`մակաբույծների տեսակների առկայություն / բացակայություն հիման վրա[2]:
Կյանքի ծառի դենդրոգրամ: Այս ֆիլոգենետիկ ծառը ստացվել է Woese et al. rRNA վերլուծությունից:[3] Ներքևում գտնվող ուղղահայաց գիծը ներկայացնում է վերջին համընդհանուր նախնին (LUCA-last universal common ancestor):
RNA-Seq տվյալների ջերմային քարտեզը, որը ցույց է տալիս երկու դենդրոգրամ՝ ձախ և վերին սահմաններում :

Դենդոգրամ անունը ծագել է երկու հին հունական բառերից՝ δένδρον (déndron-դենդրոն), որը նշանակում է «ծառ», և γράμμα (grámma-գրամմա), որը նշանակում է «նկարչություն, մաթեմատիկական կերպար"[6][7]:

Կլաստերինգի օրինակ

Կլաստերինգի օրինակի համար ենթադրենք, որ հինգ միավորներ (ա-ե) խմբավորվել են UPGMA- ի կողմից գենետիկական հեռավորությունների մատրիցայի հիման վրա։ Հիերարխիկ կլաստերինգի դենդրոգրամը ցույց կտա հինգ նոդերի/հանգույցների մի սյունակ, որը ներկայացնում է սկզբնական տվյալները (այստեղ՝ առանձին միավորներ), իսկ մնացած հանգույցները ներկայացնում են այն կլաստերները, որոնց պատկանում են տվյալները, և դրանց հեռավորությունները (տարբերությունը)։ Միավորված կլաստերի միջև հեռավորությունը մոնոտոն է, որը մեծանում է միաձուլման մակարդակին համընթաց։ Յուրաքանչյուր նոդի բարձրությունը համամասն է դուստր նոդերի միջխմբային տարբերության արժեքին (աջ կողմում գտնվող հանգույցները ներկայացնում են անհատական դիտարկումներ՝ բոլորը զրոյական բարձրությամբ)։

Ծանոթագրություններ