Najviša vlast u Grčkoj crkvi pripada Sinodu episkopa, koji se sastoji iz svih eparhijskih arhijereja. Svi oni imaju titulu mitropolita. Na čelu Sinoda stoji arhiepiskop atenski i sve Grčke, koga bira Sinod iz reda mitropolita. Nakon izbora, u roku od pet dana, predsjednikRepublike Grčke izdaje ukaz o njegovom priznanju, nakon čega se vrši ustoličenje. Stalni sinod, koji se bavi svakodnevnim pitanjima crkvene uprave, sastoji se od arhiepiskopa i 12 mitropolita. Arhiepiskop je stalni predsjednik, dok se ostali mitropoliti mijenjaju.