יחד עם זאת, השפה, הביטויים והרעיונות באיגרת השנייה שונים משתי איגרות הרועה האחרות, ודומים יותר לאיגרות פאולוס האחרות - ועל כן, מרבית החוקרים סבורים כי מחבר איגרת זו הוא תלמיד אחר של פאולוס ולא התלמיד שכתב את שתי איגרות הרועה האחרות. ריימונד בראון מסביר את הדמיון בין איגרת זו לאיגרות המאוחרות של פאולוס (שאין מחלוקת שנכתבו על ידיו) בכך שמדובר בתלמיד של פאולוס אשר שהה עמו בשנת חייו האחרונה. ג'רום מרפי אוקונור סבור כי מדובר אכן באיגרת שפאולוס כתב בשל הדמיון לאיגרות שאין מחלוקת שהוא כתב.
האיגרת נשלחה מאת פאולוס אל עוזרו טימותיוס ובה מייעץ לו פאולוס לא להיות ביישן, ולא להתבייש בעדותו בדבר האל הנוצרי (א' 7 - 8). פאולוס מבקש מטימותיוס לבוא אליו לפני החורף, ולהביא עמו את מרקוס, כי הוא חוזה שמותו קרב (ד' 6). פאולוס מקווה כי טימותיוס ימשיך לעמוד בפני תורות השקר ומייעץ לו להילחם בתורות אלה תוך אזכור איגרות קודמות, וכן מייעץ לו להיות סובלני במקרה שירדפו אותו (א' 6 - 15), ולשמור בקפדנות על חובות תפקידו (ד' 1 - 5).