Cepa (bioloxía)

Díxose que "non hai unha definición aceptada universalmente dos termos 'cepa', 'variante' e 'illamento' na comunidade da viroloxía, e a maioría dos virólogos simplemente copian o uso dos termos dos outros".^[2]

Unha cepa é unha variante xenética ou subtipo dun microorganismo (por exemplo, un virus, bacteria ou fungo). Por exemplo, unha "cepa do virus da gripe" é unha determinada forma biolóxica do virus da gripe. Estas cepas da gripe caracterízanse polas diferentes isoformas de proteínas de superficie que levan. As novas cepas virais poden orixinarse por mutación ou captura de compoñentes xenéticos cando dous ou máis virus infectan a mesma célula na natureza.^[3] Estes fenómenos coñécense respectivamente como deriva antixénica e cambio antixénico. As cepas microbiolóxicas poden tamén diferenciarse pola súa constitución xenética usando métodos metaxenómicos para maximizar a resolución dentro dunha mesma especie.^[4] Isto converteuse nunha valiosa ferramenta para analiar o microbioma.

Un exemplo en bacterioloxía é o das cepas de pneumococos "lisa" e "rugosa", no que as lisas posúen unha envoltura ou cápsula formada por carbohidratos complexos e forman colonias, que vistas ao microscopio lles dá unha aparencia lisa, mentres que as rugosas non teñen esa cápsula e vense máis rugosas.

Os científicos modifican ás veces cepas de virus para estudar o seu comportamento, como no caso do virus da gripe H5N1. Aínda que o financiamento e realización desas investigacións orixinou nalgunhas ocasións controversias por cuestións de seguridade, o que levou á súa pausa temporal, pero despois esta proseguiuse.^[5][6]

En biotecnoloxía constúense artificialmente cepas microbiolóxicas para establecer as vías metabólicas axeitadas para tratar diversas aplicacións.^[7] Historicamente, dedicouse un grande esforzo na investigación metabólica no campo da produción de biocombustibles.^[8] Escherichia coli é a especie máis comunmente usada para facer enxeñería de cepas procariotas. Conseguiuse establecer xenomas mínimos vitais a partir dos cales desenvolver novas cepas.^[9] Estas cepas mínimas proporcionan unha considerable seguridade de que os experimentos con xenes fóra do marco mínimo non se efectuarán para vías metabólicas non esenciais. As cepas optimizadas de E. coli utilízanse tipicamente para esta aplicación. E. coli tamén se usa a miúdo como un chasis para a expresión de proteínas simples. Estas cepas, como a BL21, son modificadas xeneticamente para minimizar a actividade de protease, o que facilitaría unha alta eficiencia na produción de proteínas a escala industrial.^[10]

As cepas de lévedos son os suxeitos máis comúns para as modificacións xenéticas eucariotas, especialmente para a fermentación industrial.^[11]

O termo non ten un status oficial en botánica. Utilízase para referirse ao conxunto de descendentes prodcidos a partir dun antepasado común que comparten un carácter morfolóxico ou fisiolóxico uniforme.^[12] Unha cepa é un grupo de descendentes designado que descenden dunha planta modificada (producida por hibridación convencional ou por métodos biotecnolóxicos) ou que se orixinaron como resultado dunha mutación xenética.

Un exemplo son algunhas cepas de arroz que se crearon inserindo novo material xenético en plantas de arroz.^[13] Todos os descendentes da planta de arroz modificada xeneticamente son unha cepa cunha información xenética única que se pasa ás seguintes xeracións; a designación da cepa, que normalmentge é un número ou un nome formal, comprende todas as plantas que descenden da planta orixinal modificada. As plantas de arroz da cepa poden cruzarse con outras cepas ou cultivares de arroz e se como resultado se producen plantas interesantes, estas son despois cruzadas de novo para conseguir estabilizar os trazos desexables; as plantas estabilizadas que se poden propagar e crecer (permanecen idénticas á planta parental) reciben un nome de cultivar e ofrécense para a produción para que poidan ser utilizadas polos agricultores.

Unha cepa de rato ou rata de laboratorio é un grupo de animais que é xeneticamente uniforme. Estas cepas utilízanse en experimentos de laboratorio. As cepas de ratos poden ser cruzadas endogamicamente, mutadas ou modificadas xeneticamente, mentres que as de ratas son normalmente cruzadas endogamicamente. Unha poboación de roedores resultado destes cruzamentos endogámicos considérase xeneticamente idéntico despois de 20 xeracións de apareamento cos seus irmáns. Desenvolvéronse moitas cepas de roedores para usalos como modelos de diversas enfermidades, e tamén adoitan utilizarse para as probas de toxicidade de fármacos.^[14][15][16]

A mosca do vinagre ou da froita Drosophila melanogaster é un dos primeiros organismos modelo que foron utilizados para a análise xenética, porque ten un xenoma simple e coñécese moito sobre ela. Continuou sendo un organismo modelo moi utilizado por moitas outras razóns, como a facilidade de cruzarse e manterse e a velocidade e volume da súa reprodución. Desenvolvéronse varias cepas específicas, entre as que hai versións que non poden voar por teren ás atrofiadas (tamén usadas nos comercios de animais de compañía como comida viva para pequenos réptiles e anfibios).

As cepas poden agruparse segundo as súas características comúns nas seguintes categorías:

• biovar ou biotipo, que son aquelas cepas que teñen características bioquímicas e fisiolóxicas especiais.
• morfovar ou morfotipo, con morfoloxía específica.
• serovar ou serotipo, con características antixénicas específicas.
• patovar ou patotipo, con propiedades patóxenas para certos hóspedes.
• fagovar ou fagotipo, con especificidade para lisar certos bacteriófagos.

• Illamento (microbioloxía)
• Clon
• Raza (bioloxía)

• Coli Genetic Stock Center
• EcoliWiki Índice de cepas de E. coli Arquivado 19 de maio de 2019 en Wayback Machine.
• International Mouse Strain Resource (IMSR)
• Índice de cepas de ratas