Traitement taxinomique
Le traitement taxinomique fait référence à une section d'une publication scientifique documentant les caractéristiques d'un groupe apparenté d'organismes ou de taxons[1]. Les traitements ont été les éléments constitutifs de la façon dont les données sur les taxons sont fournies, depuis le début de la taxinomie moderne par Linnaeus 1753 pour les plantes[2] et 1758 pour les animaux[3]. Chaque taxon scientifiquement décrit a au moins un traitement taxinomique. Dans l'édition d'aujourd'hui, une étiquette de traitement taxinomique[1] est utilisée pour délimiter une telle section[4]. Il permet de rendre cette section de données FAIR trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables. Ceci est mis en œuvre dans le référentiel de littérature sur la biodiversité, où, lors du dépôt du traitement, un identifiant d'objet numérique (digital objet identifier, ou DOI) persistant DataCite est créé. Cela inclut les métadonnées sur le traitement, la publication source et d'autres ressources citées, telles que les chiffres cités dans le traitement. Ce DOI permet d'établir un lien entre l'utilisation d'un nom taxinomique et les preuves scientifiques respectives fournies par le ou les auteurs, à la fois pour la consommation humaine et la machine.
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Les traitements sont considérés comme des données et le droit d'auteur n'est donc pas applicable[5] et peut donc être mis à disposition même à partir de publications à accès fermé.
Étymologie
Le terme traitement taxinomique a été inventé parce que le terme description a deux significations dans les descriptions d'espèces ou descriptions taxinomiques. L'un est équivalent au traitement, le second en tant que sous-section dans les traitements décrivant le taxon, complétant le diagnostic, les matériaux examinés, la distribution, la conservation et d'autres sous-sections[1].
Histoire
Ce terme a été introduit lors d'un projet national de bibliothèque numérique de la NSF aux États-Unis[6], et a été développé plus avant dans Taxpub[7], une version spécifique à la taxinomie de la suite de balises d'articles de journaux par Plazi, National Center for Biotechnology Information et Pensoft Publishers . Il a été prototypé par la revue taxinomique ZooKeys[8], qui a adopté Taxpub à partir de son volume 50, suivi de PhytoKeys[9] . Taxpub est désormais utilisé par des revues publiées par Pensoft Publishers, European Journal of Taxonomy [10] par le Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF), et le Muséum national d'histoire naturelle en France[11]. Le service TreatmentBank [12] fourni par Plazi pour convertir les publications taxinomiques en données FAIR donne accès à plus de 500 000 traitements taxinomiques[13], dont plus de 7 700 traitements pour les nouvelles espèces décrites en 2020[14]. In fine, ils deviendront accessibles dans le répertoire de la littérature de la biodiversité après avoir passé le contrôle de qualité pour éviter les artefacts dus à la conversion complexe de publications non structurées, principalement basées sur PDF.
