Protéine inactivant les ribosomes
famille InterPro
Les protéines inactivant les ribosomes, ou ribosome-inactivating proteins (abrégé en RIP), sont des protéines inhibant la synthèse protéique des cellules grâce à leur activité enzymatique qui désactive les ribosomes des organismes eukaryotes[1]. Ce terme désigne une grande famille de protéines qui agissent comme des N-glycosylases de l'ARNr (EC 3.2.2.22). Elles inactivent les sous-unités ribosomiques 60S par un clivage N-glycosidique, qui libère une base adénine spécifique du squelette sucre-phosphate de l'ARNr 28S[2],[3],[4]. Les RIPs sont retrouvés surtout chez les plantes et les bactéries mais aussi dans certains champignons et animaux[1],[5].
Cette famille de protéines comprend les toxines de Shiga et assimilées, et les RIPs de type I (par exemple trichosanthine et luffine) et type II (par exemple ricine, agglutinine I du ricin et abrine). Toutes ces toxines sont structurellement apparentées. Les RIPs présentent un intérêt considérable en raison de leur utilisation potentielle, conjuguée avec les anticorps monoclonaux, comme immunotoxines pour traiter le cancer. L'élucidation des relations entre structures et fonctions des RIPs a par conséquent fait l'objet de recherches importantes[1],[6].
Liste de protéines inactivant les ribosomes (RIPs)
| Organisme source | RIP (nom anglais) | RIP (nom français) | Type | Masse moléculaire (kDa) | IC50 (nM) de l'activité inhibitrice sur la synthèse protéique (milieu acellulaire)[1]. | Réf. |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Bactérie | ||||||
| Escherichia coli | Verotoxin 1 (Shiga-like toxin 1, Stx 1) | Vérotoxine 1 | AB5 | 70.5 | ||
| Verotoxin 2 (Shiga-like toxin 2, Stx 2) | Vérotoxine 2 | AB5 | 70.5 | |||
| Shigella dysenteriae | Shiga toxin (Stx) | Shigatoxine | AB5 | 70.7 | ||
| Streptomyces coelicolor | S. coelicolor RIP (RIPsc) | RIP de S. coelicolor | 1 | 29 | ||
| Fungi | ||||||
| Flammulina velutipes | Flammin | Flammine | 1 | 30 | ||
| Flammulin | Flammuline | 1 | 40 | |||
| Velin | Véline | 1 | 19 | |||
| Velutin | Vélutine | Small RIP | 13,8 | |||
| Hypsizygus marmoreus | Hypsin | Hypsine | 1 | 20 | ||
| Marmorin | Marmorine | Small RIP | 9,6 | |||
| Lentinus edodes | Fruiting body protein (FBP) | Protéine du corps fructifère | 1 | 23 | ||
| Lyophyllum shimeji | Lyophyllin | Lyophylline | 1 | 20 | ||
| Pleurotus tuberregium | Pleuturegin | Pleuturegine | 1 | 38 | ||
| Volvariella volvacea | Volvarin | Volvarine | 1 | 29 | ||
| Algue | ||||||
| Saccharina japonica Aresch. | Lamjapin | Lamjapine | 1 | 36 | ||
| Plante | ||||||
| Abelmoschus esculentus (L.) Moench | Abelesculin | Abelesculine | 1 | 30 | ||
| Abrus precatorius L. | Abrin-a | Abrine-a | 2 | 63 | ||
| Abrin-b | Abrine-b | 2 | 67 | |||
| Abrin-c | Abrine-c | 2 | 63 | |||
| Abrin-d | Abrine-d | 2 | 67 | |||
| Abrin-I | Abrine-I | 2 | 64 | |||
| Abrin-II | Abrine-II | 2 | 63 | |||
| Abrin-III | Abrine-III | 2 | 63 | |||
| Abrus agglutinin | Agglutinine de Abrus | 2 | 67 | |||
| Abrus agglutinin | Agglutinine de Abrus | 2 | 134 | |||
| APA-I | APA-I | 2 | 130 | |||
| APA-II | APA-II | 2 | 128 | |||
| Abrus pulchellus L. | Pulchellin | Pulchelline | 2 | 61,5-63 | ||
| Adenia digitata Burtt-Davy | Modeccin (Modeccin 4B) | Modeccine | 2 | 57 | ||
| Modeccin 6B | Modeccine 6B | 2 | 57 | |||
| Adenia ellenbeckii Harms | A. ellenbeckii RIP | RIP de A. ellenbeckii | 1 | 30 | ||
| A. ellenbeckii RIP | RIP de A. ellenbeckii | 2 | 60 | |||
| Adenia fruticosa Burtt-Davy | A. fruticosa RIP | RIP de A. fruticosa | 1 | 30 | ||
| Adenia goetzii Burtt-Davy | A. goetzii RIP | RIP de A. goetzii | 1 | 30 | ||
| A. goetzii RIP | RIP de A. goetzii | 2 | 60 | |||
| Adenia keramanthus Harms | A. keramanthus RIP | RIP de A. keramanthus | 2 | 60-65 | ||
| Adenia lanceolata Engl. | A. lanceolata RIP | RIP de A. lanceolata | 2 | 60 | ||
| Lanceolin | Lancéoline | 2 | 61,2 | |||
| Adenia racemosa W.J. de Wilde | A. racemosa RIP | RIP de A. racemosa | 1 | 30 | ||
| Adenia stenodactyla Harms | A. stenodactyla RIP | RIP de A. stenodactyla | 2 | 60 | ||
| Stenodactylin | Sténodactyline | 2 | 63,1 | |||
| Adenia venenata Forssk. | A. venenata RIP | RIP de A. venenata | 1 | 30 | ||
| A. venenata RIP | RIP de A. venenata | 2 | 60 | |||
| Adenia volkensii Harms | Volkensin | Volkensine | 2 | 62 | ||
| Agrostemma githago L. | Agrostin | Agrostine | 1 | 27 | ||
| Agrostin-2 | Agrostine-2 | 1 | 30,6 | |||
| Agrostin-5 | Agrostine-5 | 1 | 29,5 | |||
| Agrostin-6 | Agrostine-6 | 1 | 29,6 | |||
| Allium sativum L. | Allivin | Allivine | Small RIP | 13 | ||
| Amaranthus caudatus L. | Amaranthin (A. caudatus agglutinin, ACA) | Amaranthine (agglutinine de A. caudatus) | 1 | 33-36 | ||
| Amaranthus tricolor L. | A. tricolor antiviral protein-27 (AAP-27) | Protéine-27 antivirale de A. tricolor | 1 | 27 | ||
| Amaranthus viridis L. | Amaranthin | Amaranthine | 1 | 30 | ||
| Aralia elata (Miq.) Seem. | Aralin (A. elata lectin) | Araline (lectine de A. elata) | 2 | 61,3 | ||
| Asparagus officinalis L. | A. officinalis RIP | RIP de A. officinalis | 1 | 32,5 | ||
| Asparin 1 | Asparine 1 | 1 | 30,5 | |||
| Asparin 2 | Asparine 2 | 1 | 29,8 | |||
| Basella rubra Roxb. | B. rubra RIP 2a | RIP 2a de B. rubra | 1 | 30,6 | ||
| B. rubra RIP 2b | RIP 2b de B. rubra | 1 | 31,2 | |||
| B. rubra RIP 3 | RIP 3 de B. rubra | 1 | 31,2 | |||
| Ricinus communis L. | Ricin | Ricine | 2 | 62 | ||
| Ricin 1 | Ricine 1 | 2 | 64 | |||
| Ricin 2 | Ricine 2 | 2 | 67 | |||
| Ricin 3 | Ricine 3 | 2 | 66 | |||
| Ricin D | Ricine D | 2 | 60 | |||
| Ricin E | Ricine E | 2 | 60 | |||
| Ricinus agglutinin (RCA120) | Agglutinine de Ricinus (RCA120) | 2 | 120 | |||
| Ricinus agglutinin 1 (RCA1) | Agglutinine de Ricinus 1 (RCA1) | 2 | 134 | |||
| Ricinus agglutinin 2 (RCA2) | Agglutinine de Ricinus 2 (RCA2) | 2 | 140 | |||
| Ricinus sangineus Hort. ex Groenland | Ricin R11 | Ricine R11 | 2 | 57,8 | ||
| Ricin R12 | Ricine R12 | 2 | 62,2 | |||
| Ricin R2 | Ricine R2 | 2 | 63,1 | |||
| R. sanguineus agglutinin | Agglutinine de R. sanguineus | 2 | 120 | |||
| Sambucus ebulus L. | Alpha-ebulitin | Alpha-ébulitine | 1 | 32 | ||
| Beta-ebulitin | Beta-ébulitine | 1 | 29 | |||
| Ebulin f | Ébuline f | 2 | 56 | |||
| Ebulin I (ebulin 1) | Ébuline I | 2 | 56 | |||
| Ebulin r1 | Ébuline r1 | 2 | 56 | |||
| Ebulin r2 | Ébuline r2 | 2 | 56 | |||
| Gamma-ebulitin | Gamma-ébulitine | 1 | 29 | |||
| S. ebulus agglutinin (SEA) | Agglutinine de S. ebulus | 2 | 136 | |||
| Sambucus nigra L. | Basic nigrin b | Nigrine basique b | 2 | 63,5 | ||
| Nigrin b | Nigrine b | 2 | 58 | |||
| Nigrin f | Nigrine f | 2 | 58 | |||
| Nigrin l1 | Nigrine l1 | 2 | 58 | |||
| Nigrin l2 | Nigrine l2 | 2 | 58 | |||
| Nigrin s | Nigrine s | 2 | 57 | |||
| Nigritin f1 | Nigritine f1 | 2 | 24,1 | |||
| Nigritin f2 | Nigritine f2 | 2 | 23,6 | |||
| S. nigra agglutinin I (SNAI) | Agglutinine I de S. nigra | 2 | 240 | |||
| SNA-I’ | SNA-I’ | 2 | 120 | |||
| SNLRP1 | SNLRP1 | 2 | 62 | |||
| SNLRP2 | SNLRP2 | 2 | 60-62 | |||
| Sambucus racemosa L. | Basic racemosin b | Racémosine basique b | 2 | 58 | ||
| S. racemosa agglutinin (SRA) | Agglutinine de S. racemosa | 2 | 140 | |||
| Sambucus sieboldiana L. | S. sieboldiana agglutinin (SSA) | Agglutinine de S. sieboldiana | 2 | 116 | ||
| Sieboldin-b | Sieboldine-b | 2 | 59,4 | |||
| Sapium sebiferum (L.) Roxb. | SEBIN | SEBIN | 1 | 29,8 | ||
| Saponaria ocymoides L. | Ocymoidine | Ocymoïdine | 1 | 30,2 | ||
| Saponaria officinalis L. | Saporin-6 | Saporine-6 | 1 | 29,5 | ||
| Saporin-9 | Saporine-9 | 1 | 29,5 | |||
| Saporin-L1 | Saporine-L1 | 1 | 31,6 | |||
| Saporin-L2 | Saporine-L2 | 1 | 31,6 | |||
| Saporin-R1 | Saporine-R1 | 1 | 30,2 | |||
| Saporin-R2 | Saporine-R2 | 1 | 30,9 | |||
| Saporin-R3 | Saporine-R3 | 1 | 30,9 | |||
| Saporin-S5 | Saporine-S5 | 1 | 30,9 | |||
| Saporin-S6 | Saporine-S6 | 1 | 31,6 | |||
| Saporin-S8 | Saporine-S8 | 1 | 29,5 | |||
| Saporin-S9 | Saporine-S9 | 1 | 29,5 | |||
| Secale cereale L. | S. cereale RIP | RIP de S. cereale | 1 | 31 | ||
| Sechium edule (Jacq.) Sw. | Sechiumin | Sechiumine | 1 | 27 | ||
| Spinacia oleracea L. | S. oleracea RIP1 (SoRIP1, BP31) | RIP1 de S. oleracea | 1 | 31 | ||
| S. oleracea RIP2 (SoRIP2) | RIP2 de S. oleracea | 1 | 29 | |||
| Stellaria aquatica Scop. | Stellarin | Stellarine | 1 | 27,5 | ||
| Stellaria media (L.) Vill. | RIP Q3 | RIP Q3 | 1 | 28,2 | ||
| Trichosanthes anguina L. | Trichoanguin | Trichoanguine | 1 | 35 | ||
| Trichosanthes cucumerina Wall. | T. cucumerina seed lectin (TCSL) | Lectine de la graine de T. cucumerina | RIP-like | 69 | ||
| Trichosanthes cucumeroides Maxim. | Beta-trichosanthin | Bêta-trichosanthine | 1 | 28 | ||
| Trichosanthes dioica Roxb. | T. dioica seed lectin (TDSL) | Lectine de la graine de T. dioica | RIP-like | 55 | ||
| Trichosanthes kirilowii Maxim. | Alpha-kirilowin | Alpha-kirilowine | 1 | 28,8 | ||
| Alpha-trichosanthin | Alpha-trichosanthine | 1 | 31,7 | |||
| Beta-kirilowin | Beta-kirilowine | 1 | 27,5 | |||
| Karasurin-A | Karasurine-A | 1 | 27,1 | |||
| Karasurin-B | Karasurine-B | 1 | 27,2 | |||
| Karasurin-C | Karasurine-C | 1 | 27,4 | |||
| S-Trichokirin | S-Trichokirine | Small RIP | 8 | |||
| TAP-29 (Trichosanthes anti-HIV protein 29 kDa) | Protéine anti-HIV de Trichosanthes | 1 | 29 | |||
| Trichobitacin | Trichobitacine | 1 | 27,2 | |||
| Trichokirin | Trichokirine | 1 | 27 | |||
| Trichokirin-S1 | Trichokirine-S1 | Small RIP | 11,4 | |||
| Trichomislin | Trichomisline | 1 | 27,2 | |||
| Trichosanthin (TCS) | Trichosanthine | 1 | 25-26 | |||
| Trichosanthrip | Trichosanthrip | Small RIP | 11 | |||
| Trichosanthes lepiniate Maxim. | Trichomaglin | Trichomagline | 1 | 24,7 | ||
| Trichosanthes sp. Bac Kan 8–98 | Trichobakin | Trichobakine | 1 | 27 | ||
| Triticum aestivum L. | Tritin | Tritine | 1 | 30 | ||
| Tritin L | Tritine L | 1 | 37-37,9 | |||
| Tritin S | Tritine S | 1 | 32,1-32,8 | |||
| Vaccaria pyramidata Medik. | Pyramidatine | Pyramidatine | 1 | 28 | ||
| Viscum album L. | Mistletoe lectin II (ML II) | Lectine II du gui | 2 | 60 | ||
| Mistletoe lectin III (ML III) | Lectine III du gui | 2 | 50 | |||
| Viscumin (mistletoe lectin I, ML I) | Viscumine (lectine I du gui) | 2 | 115 | |||
| Viscum album subsp. coloratum Kom. | KML-IIL | KML-IIL | 2 | 60 | ||
| KML-IIU | KML-IIU | 2 | 64 | |||
| VCA | VCA | 2 | 60 | |||
| Viscum articulatum Burm.f. | Articulatin-D | Articulatine-D | 2 | 66 | ||
| Ximenia americana L. | Riproximin | Riproximine | 2 | 63 | ||
| Yucca recurvifolia Salisb. | Yucca leaf protein (YLP) | Protéine de la feuille de yucca | 1 | 23 | ||
| Zea mays L. | Maize proRIP | ProRIP du maïs | 3 | 34 | ||
| Maize seed RIP (b-32, corn RIP) | RIP de la graine du maïs | 1 | 32,4 | |||
| Animal | ||||||
| Aedes aegypti | A. aegypti RIP I (RIPAeI) | RIP I de A. aegypti | 1 | ND | ||
| A. aegypti RIP II (RIPAeII) | RIP II de A. aegypti | 1 | ND | |||
| RIPAeI like | RIPAeI like | 1 | ND | |||
| Culex quinquefasciatus | C. quinquefasciatus RIP (RIPcu) | RIP de C. quinquefasciatus | 1 | ND | ||
Notes et références
Annexes
Bibliographie
- [Stirpe et Lappi 2014] (en) Fiorenzo Stirpe et Douglas A. Lappi, Ribosome-inactivating Proteins : Ricin and Related Proteins, John Wiley & Sons, (ISBN 978-1-118-12565-6, lire en ligne).
- [Mantis 2012] (en) Nicholas J. Mantis, Ricin and Shiga Toxins : Pathogenesis, Immunity, Vaccines and Therapeutics, vol. 357, Springer Berlin, Heidelberg, coll. « Current Topics in Microbiology and Immunology », (ISBN 978-3-642-27470-1, ISSN 2196-9965, DOI 10.1007/978-3-642-27470-1
, lire en ligne). - [Nielsen et Boston 2001] (en) Kirsten Nielsen et Rebecca S. Boston, « RIBOSOME-INACTIVATING PROTEINS: A Plant Perspective », Annual Review of Plant Physiology and Plant Molecular Biology, vol. 52, , p. 785-816 (PMID 11337416, DOI 10.1146/annurev.arplant.52.1.785 , lire en ligne [PDF], consulté le ).
- [Gopalakrishnakone et al. 2017] (en) P. Gopalakrishnakone, Célia Regina Carlini et Rodrigo Ligabue-Braun, Plant Toxins, Springer Dordrecht, coll. « Toxinology » (no 10), (ISBN 978-94-007-6464-4, ISSN 2542-7644, DOI 10.1007/978-94-007-6464-4 , lire en ligne).
Articles connexes
Liens externes
- Ressource relative à la santé :
