Elle adhère au bloc démocratique, parti d'opposition, qui s'allie avec l'Union des citoyens de Zurab Jvania, qui deviendra Premier ministre.
Après l'élection de Mikheil Saakachvili au poste de président, Bourdjanadze demeure la présidence du Parlement géorgien.
Le , afin de provoquer une élection présidentielle anticipée à laquelle il sera candidat, le président Saakachvili démissionne. En sa qualité de présidente du Parlement, Nino Bourdjanadze redevient présidente par intérim jusqu'au .
En , juste avant les législatives qui voient le parti au pouvoir remporter une large majorité, elle démissionne de son poste de présidente du Parlement.
Après l'échec de la guerre menée en en Ossétie du Sud, et qui aboutit à l'occupation partielle par la Russie, elle se montre critique sur la gestion du conflit par le président Mikheil Saakachvili. On lui prête alors des ambitions présidentielles. Elle est ainsi candidate à l'élection présidentielle du , mais n'arrive qu'en troisième position avec 10,18 % des voix. La victoire revient à Guiorgui Margvelachvili, présenté par Rêve géorgien, la coalition du Premier ministre Bidzina Ivanichvili[1].