Il est le fils d'Ibrahim Agha, commandant du contingent local d'irréguliers et marchand de tabac d'origine turque de Konya et de Zainab, la fille du gouverneur de la ville Husain Agha.
Lorsqu'il perdit son père durant son enfance, Méhémet Ali fut élevé par son oncle et ses cousins. En récompense de son travail acharné, son oncle lui attribua le rang de Bölükbaşı (en) afin qu'il puisse collecter les impôts dans sa ville de Kavala. Il s'acquitta de cette tâche avec succès et s'éleva au rang de second commandant sous les ordres de son cousin Sarachesme Halil Agha dans le contingent des volontaires de Kavala qui furent envoyés afin de réoccuper l'Égypte après le retrait deBonaparte.
Il épousa la fille du riche Ali Agha, Emine Nosratli, veuve d'Ali Bey (sultanmamelouk d'Égypte de 1760 à 1772). L'expédition arriva à Aboukir au printemps 1801.
Le retrait français avait laissé la province ottomane sans dirigeant. Le pouvoir des mamelouks affaibli n'avait pas été anéanti, les Ottomans profitant alors de cette faiblesse pour rétablir leur contrôle sur la région. Au cours de cette période d'anarchie, Méhémet Ali utilisa ses troupes albanaises sur deux fronts, le premier afin de conquérir le pouvoir et le second pour son prestige personnel. En 1805, le peuple lassé par l'instabilité chronique se révolte, dirigé par les oulémas. Un groupe de notables égyptiens demanda la démission du wāli (gouverneur), Ahmad Kurshid Pacha, et la prise du pouvoir par Méhémet Ali.
Le sultan ottoman Selim III n'étant pas en mesure de s'opposer à l'ascension de Méhémet Ali, consolida la position de ce dernier. Pendant les combats entre les mamelouks et les Ottomans entre 1801 et 1805, Méhémet Ali veilla à ne jamais perdre le soutien populaire qui l'avait mené là. En se positionnant comme le protecteur du peuple, Méhémet Ali réussit à contenir l'opposition populaire jusqu'à l'affermissement de son pouvoir.
Malgré leurs défaites, les mamelouks, qui avaient contrôlé l'Égypte durant plus de 600 ans, menaçaient le pouvoir de Méhémet Ali et planifiaient à terme son assassinat. C'est alors qu'en 1811, il invite les dirigeants mamelouks à un festin à la citadelle du Caire en l'honneur de son fils Toussoun Pacha (en) (père d'Abbas Ier Hilmi), qui devait être nommé dans une expédition en Arabie. Lors du repas les mamelouks sont emprisonnés et assassinés, laissant à Méhémet Ali le gouvernement de l'Égypte.
Par la suite Méhémet Ali transforma l'Égypte en une puissance régionale qu'il voyait comme le successeur naturel de l'Empire ottoman en décomposition. Méhémet Ali résuma sa vision de l'Égypte comme suit :« Je suis bien conscient que l'Empire ottoman va chaque jour vers sa destruction […]. Sur ses ruines, je vais fonder un vaste royaume […] jusqu'à l'Euphrate et au Tigre. »
Le vice-roi introduisit de vastes réformes en Égypte : il mit sur pied une armée de conscription à base de paysans égyptiens, qu'il utilisa ensuite pour repousser les frontières de l'Égypte. Il engagea d'importants travaux d'infrastructure, tels que des routes et des canaux en mobilisant plus de 300 000 cultivateurs, hommes, femmes, enfants, arrachés de leurs foyers et au prix de nombreuses vies volées par les maladies, les privations et les mauvais traitements. Il envisagea également la construction d'une voie ferrée du Caire à Suez ainsi que le creusement d'un canal reliant la mer Méditerranée à la mer Rouge, deux projets qu'il n'aura pas le temps de réaliser mais qui seront menés à bien par ses successeurs. Il fit du pays l'un des principaux producteurs mondiaux de coton. Il se signala aussi par des réformes sociales, et la création d'écoles modernes.
Il utilisa l'État pour mettre en œuvre une révolution industrielle. Il constitua des monopoles d'État, acheta des machines textiles modernes en Europe, fit construire des hauts fourneaux et des aciéries, confisqua les terres des propriétaires mamelouks et y fit cultiver des denrées destinées à l'exportation. En 1830, l'Égypte occupait le cinquième rang mondial pour les broches à filer le coton par têtes d'habitant[9].
En signe de bonne entente avec la France, et avec l'accord du baron Taylor puis de Jean-François Champollion, il offre à Charles X et à la France, au début de 1830, les deux obélisques érigés devant le temple de Louxor. Seul celui de droite (en regardant le temple) est abattu et transporté vers la France par l'amiral Charles Jaurès.
Il demeura officiellement pendant son règne un vassal du sultan ottoman, mais en réalité n'hésita pas à mener une politique indépendante. Il réprima pour le compte de celui-ci une révolte des wahhabites en Arabie, de 1811 à 1818, puis lui vint en aide dans la guerre d'indépendance grecque entre 1824 et 1828, en échange de divers territoires ; cette dernière opération provoqua la destruction de sa flotte à la bataille de Navarin. Il obtient peu après que ses fils lui succèdent à son poste.
Par ailleurs, en vue d'accaparer les ressources[réf. nécessaire]mythiques[pas clair] de l'Afrique (ivoire, or…), Méhémet Ali conquiert la Nubie et le bassin supérieur du Nil. Il fonde à la pointe du Nil Blanc et du Nil Bleu une ville dénommée Ras el-Khartoum. Là va s'établir le gouverneur de la nouvelle colonie égyptienne, dénommée Soudan (en arabe, le « pays des Noirs »).
Il se brouilla avec le sultan et entra en guerre contre lui en 1831. Sous la direction de son fils Ibrahim Pacha, les armées de Méhémet Ali s'emparèrent de la Palestine et de la Syrie, et s'approchèrent jusqu'à quelques jours de marche de Constantinople. Le , une armée égyptienne de 15 000 hommes vainquit l'armée turque de 54 000 hommes durant la bataille de Konya. Une intervention diplomatique franco-britannique conduisit à une solution négociée en 1833, la convention de Kütahya laissait le contrôle de la Syrie et de la Palestine à l'Égypte.
En 1839, le sultan Mahmoud II reprit la guerre, mais subit une défaite décisive aux mains d'Ibrahim à Nisibe le . Il mourut peu après et les armées égyptiennes se rapprochèrent une nouvelle fois dangereusement de Constantinople.
La Grande-Bretagne envoya sa flotte de guerre pour aider le sultan ottoman à rétablir son autorité sur l'Égypte, bombardant les ports libanais contrôlés par les Égyptiens et faisant débarquer des troupes en Syrie. En 1841, Méhémet Ali et Ibrahim durent céder le contrôle de la Syrie par le traité de Londres. L'Égypte fut également contrainte de licencier son armée, démanteler ses monopoles et accepter une politique de libre-échange imposée par les Britanniques. Lord Palmerston admettait avec un certain cynisme : « La soumission de Mohammed Ali à l'Angleterre [...] pourrait paraître injuste et partiale, mais nous sommes partiaux ; et les intérêts supérieurs de l'Europe requièrent que nous le soyons[9]. »
Hussein Bey, commandant militaire ayant participé aux opérations de la guerre d'indépendance grecque (reconquête de la Crète, prise de Kassos, invasion du Péloponnèse), mort au combat en avril 1826 au cours du siège de Missolonghi ;
Moharrem Bey, amiral de la flotte égyptienne notamment à Navarin.
Arbre généalogique de la dynastie (en gras, personnes ayant effectivement régné) :
Caroline Gaultier-Kurhan, Mehemet Ali et la France : histoire singulière du Napoléon de l'Orient, éditions Maisonneuve & Larose, Paris, 2005, 267 p. (ISBN978-2-7068-1910-0).
Prince Osman Ibrahim, Caroline (Gaultier-Kurhan) et Ali Kurhan, Méhémet Ali le grand : mémoires intimes d'une dynastie, éditions Maisonneuve & Larose, Paris, 2005, 127 p. (ISBN2-7068-1858-1).
Louis Toucheboeuf-Clermont, Mille et unième calomnies de la contemporaine, 1834.
L'Univers illustré no 2, daté du samedi .
Alfred Schlicht, « Les chrétiens en Égypte sous Mehemmet Ali », dans Le Monde Copte, p. 44-51, 6/1979.
Olivier Lebleu, Les Avatars de Zarafa, éditions Arléa, Paris, 2006 [lire en ligne].