La saison 2003 du Championnat du Kirghizistan de football est la douzième édition de la première division au Kirghizistan. Le déroulement de la compétition diffère cette saison des éditions précédentes et est constitué de deux phases :
lors de la première phase, les dix-huit clubs participants sont répartis en deux poules (onze au Nord, sept au Sud), dont seuls les quatre premiers se qualifient pour la phase finale.
les huit clubs qualifiés s'affrontent à nouveau deux fois, pour déterminer le vainqueur du championnat.
C'est le Zhashtyk Ak Altyn Kara-Suu qui remporte la compétition cette saison après avoir terminé en tête du classement final, avec cinq points d'avance sur le triple tenant du titre, le SKA-PVO Bichkek et sept sur le Dordoi Naryn. C'est le tout premier titre de champion du Kirghizistan de l'histoire du club.