Ta alustas klubikarjääri kodumaal Lissaboni Benficas, mille esindusmeeskonnas tegi ta debüüdi 2004. aastal. Esimesel hooajal sai ta Benfica teiseks noorimaks väravalööjaks. Järgmisel hooajal murdis ta ennast juba klubi põhimeeskonda. Hooajal 2004–05 tuli klubiga Portugali meistriks.
Hooaja 2006–07 mängis ta laenumängijana Inglismaa kõrgliigas, esmalt Portsmouthis ja seejärel Evertonis.
2007. aasta augustis sõlmis ta kuueaastase lepingu Hispaania kõrgliiga klubiga Valencia. Üleminekusumma oli 12 miljonit naelsterlingit.[1] Debüüdi Hispaania kõrgliigas tegi ta 2. septembril mängus UD Almería vastu. Hooaja 2007–08 teise poole mängis ta laenumängijana taas Evertonis. Hooajal 2008–09 sai ta Valencia põhimeeskonna liikmeks. Esimese värava lõi ta Hispaania kõrgliigas 5. oktoobril 2008 mängus Real Valladolidi vastu.
2010. aasta detsembris suundus ta laenule Türgi kõrgliiga klubisse Beşiktaş. Järgmise aasta juulis sõlmis ta klubiga püsiva lepingu. 2011. aastal võitis ta klubiga Türgi karika.
Moskva Lokomotivis mängib Fernandes alates 2014. aastast. Ta on klubiga tulnud korra Venemaa meistriks ja võitnud kaks Venemaa karikat. UEFA Euroopa Liiga hooaja 2017–18 alagrupimängus 28. septembril lõi ta Tšehhi klubi Fastav Zlíni vastu 17 minutiga Euroopa Liiga ajaloo kiirema kübaratriki.[2]