Buhhaara emiraat loodi ametlikult aastal 1785, esimeseks juhiks sai Šahh Murad. Buhhaara oli üks vähestest Kesk-Aasia riikidest, mida ei juhtinud Tšingis-khaani järeltulijad, Buhhaara kasutas riigi vundamendina Tšingis-khaani pärivuse asemel islami põhimõtteid. Riigijuht ei olnud mitte khaan vaid emiir. Mõlema Buhhaara naabri, Hiiva ja Kokandi khaaniriigi valitsejad olid Mongoolia khaanide järeltulijad; Buhhaara emiraadile eelnenud Buhhaara khaaniriiki valitsesid samuti Tšingise järeltulijad. 18. sajandi jooksul olid tulevased emiirid endale Buhhaara khaaniriigis teatava mõjuvõimu kogunud, täites ataliq'i (khaani laste õpetaja) kohustusi. Aastaks 1740, kui khaaniriigi vallutas Iraani väepealik Nadir-šahh, oli selge, et emiiridel oli riigis tegelik võim. Pärast Nadiri surma aastal 1747, tappis ataliq Muhammad Rahim Bi Abulfayz khaani ja tema poja; sellega lõppes janiidide dünastia. Pärast seda jätkasid khaanid riigi valitsemist, kuid de facto oli võim juba emiiride käes. Selline kord lõppes, kui Abu l-Ghazi Khan suri ning Šahh Murad esimese emiirina troonile tõusis.
Septembris 1920 emiir kukutati ning 14. septembril 1920 kuulutati välja Buhhaara Nõukogude Rahvavabariik. See nõukogude riik oli Vene SFNV-ga "lepingulistes suhetes".