El nombre de la ciudad viene de su fundador, Eugene Franklin Skinner, quien construyó la primera cabaña en el área. El edificio era utilizado como un mercado fronterizo y una oficina de correos después de que Skinner obtuviera la autorización el 8 de enero de 1850. Durante estos años el asentamiento se llamaba Skinner's Mudhole (El Hoyo de Lodo de Skinner).[3] Doce años después, en 1862, se estableció el pueblo de Eugene. En ese entonces Skinner dirigía un transbordador en el río Willamette, donde hoy se encuentra el puente de la calle Ferry.