Met het zeshoekig centrum, de boulevards en de middeleeuwsestadswallen is Auxerre ook een toeristische trekpleister. De belangrijkste bezienswaardigheden zijn de Pont Paul Bert, de kathedraal Saint-Étienne, de St. Pierre-kerk, de Abdij Saint-Germain (met daarin een museum van kunst en historie) en het Leblanc-Duvernoy Museum (tapijten, aardewerk, schilderijen). Nationaal en internationaal kreeg de stad naamsbekendheid door haar voetbalclub AJ Auxerre.
Autussiodurum ontstond in de Gallo-Romeinse periode op de plaats waar de Via Agrippa tussen Keulen en Lyon de Yonne kruiste. Hier ontstond een rivierhaven. Autussiodurum werd in de 3e eeuw provinciehoofdstad van Gallia Lugdunensis IV en trok zich in de 4e eeuw terug achter stadsmuren.
Het bisdom Auxerre ontstond in de 4e eeuw. In de 5e eeuw werd de heilige Germanus van Auxerre tot bisschop van Auxerre en de Ierse heilige Patricius (Sint-Patrick) volgt de priesteropleiding in Auxerre. Clothilde, de echtgenote van Clovis, stichtte de koninklijke Abdij Saint-Germain bij het graf van Sint-Germanus. Deze benedictijnenabdij kende haar grootste bloei in de 9e eeuw. De school van Auxerre binnen de abdij was een centrum van de Karolingische renaissance. De bisschoppen van Auxerre werden begraven in de abdij. De NoormannenhoofdmanRollo werd in 910 bij Auxerre verslagen en trok zich terug richting Chartres.
Auxerre rond 1800
Tussen 1166 en 1192 werd een nieuwe stadsmuur gebouwd rond het oude centrum en enkele nieuwere wijken. In de 12e en 13e eeuw werden enkele belangrijke gotische gebouwen opgetrokken zoals de kathedraal Saint-Étienne en de kerk Saint-Germain. Tot het einde van het ancien régime bleef Auxerre een belangrijk religieus en administratief centrum. Via haar rivierhaven werden wijnen en hout uit de Morvan verscheept naar Parijs.
Er kwam enige industrie in de stad, maar de industriële revolutie ging voor een groot stuk voorbij aan Auxerre. Dit had ermee te maken dat de spoorlijn Parijs-Lyon-Marseille niet door Auxerre werd aangelegd. Tegelijk zorgde het toegenomen spoorverkeer ervoor dat de rivierhaven op de Yonne haar belang verloor. De stad was nog erg afhankelijk van de wijnbouw en -handel en werd bijzonder zwaar getroffen door de epidemie van de druifluis aan het einde van de 19e eeuw.[1]
Vooral de dienstensector is belangrijk, met veel banen in de administratie (gemeente, departement), de gezondheidszorg en de handel (onder andere wijn uit Chablis). Er zijn geen grote bedrijven in de industriesector. De belangrijkste industrieën zijn de textielindustrie en de houtindustrie.
AJ Auxerre is de professionele voetbal club van Auxerre en speelt in het Stade de l'Abbé-Deschamps. De club speelde vele seizoenen in Ligue 1, het hoogste Franse niveau. De club werd in 1996 kampioen van Frankrijk.
Auxerre is zes keer etappeplaats geweest in wielerkoers Ronde van Frankrijk. In 1979 was Nederlander Gerrie Knetemann er de laatste ritwinnaar en in 1981 startte er voorlopig voor het laatst een rit.