The 1999–2000 Belgian Cup was the 45th season of the main knockout competition in Belgian association football, the Belgian Cup.
| Tournament details | |
|---|---|
| Country |  Belgium |
| Final positions | |
| Champions | Genk |
| Runner-up | Standard Liège |
| Tournament statistics | |
| Matches played | 33 |
| Goals scored | 98 (2.97 per match) |
| Top goal scorer(s) | Thordur Gudjonsson (5 goals) |
Final rounds
The final phase started in the round of 32 when all clubs from the first division entered the competition (18 clubs plus 14 clubs from the qualifications).[1] All rounds were played in one leg except for the semifinals. The final game was played at the Heysel Stadium in Brussels and won by Genk against Standard Liège.
Bracket
| Round of 32 | Round of 16 | Quarter-finals | Semifinals | Final | |||||||||||||||||||||
| Genk | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| Tongeren | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Genk | 8 | ||||||||||||||||||||||||
| Ingelmunster | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Anderlecht | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Ingelmunster | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Genk | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| Gent | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Waregem | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Cercle Brugge | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Waregem | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Gent | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Gent | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| Dessel Sport | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Genk | 0 | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 0 | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Louviéroise | 0(2) | ||||||||||||||||||||||||
| Mouscron | 0(3) | ||||||||||||||||||||||||
| Mouscron | 0(1) | ||||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 0(4) | ||||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 1* | ||||||||||||||||||||||||
| Francs Borains | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Aalst | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| R Charleroi SC | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Aalst | 6 | ||||||||||||||||||||||||
| Aalst | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Germinal Beerschot Antwerpen | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Oostende | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Germinal Beerschot Antwerpen | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Genk | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| Harelbeke | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Westerlo | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Westerlo | 3 | ||||||||||||||||||||||||
| Beveren | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Mons | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Geel | 1(3) | ||||||||||||||||||||||||
| Mons | 1(4) | ||||||||||||||||||||||||
| Mons | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Lommelse | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Lommelse | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Molenbeek | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 2 | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Lierse | 1 | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Antwerp | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Heusden-Zolder | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Antwerp | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Lierse | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Lierse | 6 | ||||||||||||||||||||||||
| Torhout | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Lierse | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Club Brugge | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 4 | ||||||||||||||||||||||||
| KV Mechelen | 0 | ||||||||||||||||||||||||
| KV Mechelen | 2 | ||||||||||||||||||||||||
| Hekelgem | 1 | ||||||||||||||||||||||||
* after extra time
Final
| Genk | 4–1 | Standard Liège |
|---|---|---|
Ban  20'Guðjónsson 54', 76'Hasi 81' | Pierre 1' |