Die baltische Fußballmeisterschaft 1928/29 des Baltischen Sport-Verbandes gewann der VfB Königsberg im Entscheidungsspiel gegen den Stettiner FC Titania mit 9:1. Dies war der zehnte Gewinn der baltischen Fußballmeisterschaft für die Königsberger, die sich dadurch für die deutsche Fußballmeisterschaft 1928/29 qualifizierten. Dort schieden die Königsberger nach einer knappen 1:2-Niederlage gegen den Breslauer SC 08 bereits im Achtelfinale aus. Titania Stettin war als baltischer Vizemeister ebenfalls für die deutsche Fußballmeisterschaft qualifiziert, aber auch die Stettiner scheiterten knapp im Achtelfinale. Tennis Borussia Berlin setzte sich gegen die Stettiner erst in der Verlängerung mit 3:2 durch.
Die Vereine im Baltische Rasen- und Wintersport-Verband waren in der Saison 1928/29 erneut in drei Gebiete eingeteilt, diese wurden nun aber Bezirke genannt und nicht wie in den Vorjahren Kreise. Stattdessen trugen nun die ehemaligen als Bezirke bezeichneten Untergebiete den Namen Kreise. Die Bezirksmeister und die Vizemeister aus Ostpreußen und Pommern qualifizierten sich für die Endrunde um die baltische Fußballmeisterschaft. Der Kreis Vorpommern-Rügen wechselte auf eigenen Wunsch aus dem Norddeutschen Fußball-Verband in den BSV und wurde dem Bezirk Pommern angegliedert.
Die in dieser Spielzeit ausgetragenen Partien im Bezirk Danzig sind von zahlreichen Verbandsbeschlüssen gekennzeichnet. Eine ursprünglich bereits im Frühjahr 1928 gestartete Spielrunde wurde nach zahlreichen witterungsbedingten Spielausfällen wieder annulliert und wegen einer geänderten Klasseneinteilung neu angesetzt. Die neu angesetzte Spielrunde wurde zuerst im April 1928 wieder abgesagt, dann aber doch noch begonnen und schlussendlich im Sommer 1928 erneut abgesagt. Ende Mai 1928 wurde erneut eine Klasseneinteilung vorgenommen, die Teilnehmeranzahl an der obersten Liga wurde stark verkleinert. Die Verbandsspiele begannen dann im August 1928. Nach Beendigung der Spielrunde gab es zahlreiche Proteste, weswegen es einige Wiederholungsspiele gab, die jedoch im Nachhinein auch wieder abgesagt wurden. Als Beispiel dient hier die Partie Danziger SC gegen SV Schutzpolizei Danzig. Das ursprüngliche Spiel endete 3:0 für den Danziger SC, jedoch setzte der Sportclub einen nicht spielberechtigten Spieler ein, so dass der Verband ein Wiederholungsspiel ansetzte. Am 8. Dezember 1928 revidierte der Verband seine Entscheidung und beließ alles beim Alten. Anfang April 1929 fand dann doch noch das Wiederholungsspiel zwischen den beiden Vereinen statt, welches der Danziger SC mit 2:1 gewonnen hatte. Daraufhin beließ der Verband doch das ursprüngliche Ergebnis und strich die Wertung des Wiederholungsspieles.
Zur kommenden Spielzeit wurde der Bezirk Danzig in Bezirk Grenzmark umbenannt, fortan war Danzig ein Kreis innerhalb des Bezirkes Grenzmark.
Der Bezirk Pommern war in acht Bezirke unterteilt, deren Sieger für die Endrunde in Pommern qualifiziert waren. Auf Grund der Spielstärke in Stettin gegenüber den restlichen Bezirken durften auch der Zweit- und Drittplatzierte aus Stettin an der pommerschen Endrunde teilnehmen. In der Endrunde gab es zuerst zwei Ausscheidungsrunden, die Gewinner dieser spielten in einem Rundenturnier die pommersche Fußballmeisterschaft aus.
Aufstiegsrunde: Am 1. Januar 1929 wurde der Kreis V Pasewalk auf eigenen Wunsch dem Kreis III Stettin angeschlossen, daher durfte der Kreismeister Pasewalks, Pasewalker SC, an der Aufstiegsrunde zur Kreisliga Stettin teilnehmen.
Der Kreis Pasewalk hieß in der vorherigen Spielzeit Vorpommern-Uckermark. Er wurde ab 1. Januar 1929 auf eigenen Wunsch dem Kreis Stettin angeschlossen.
Der Kreis Vorpommern-Rügen wechselte aus dem Norddeutschen Fußball-Verband in den BSV und wurde als Kreis VII dem Bezirk Pommern angegliedert. Zur kommenden Spielzeit wurden beide Staffeln zusammen gelegt.
Rundenturnier Wegen Terminschwierigkeiten wurde die Endrunde nicht zu Ende gespielt, vom Bezirksspielausschuß wurde der VfB Stettin zum pommerschen Fußballmeister erklärt und mit dem FC Titania Stettin zur Endrunde der baltischen Fußballmeisterschaft gemeldet.
Die Endrunde um die baltische Fußballmeisterschaft wurde in der Saison 1928/29 im Rundenturnier ausgetragen. Neben den Meistern der drei Bezirke waren ebenfalls die Vizemeister aus Pommern und Ostpreußen qualifiziert. In der ersten Runde traten alle fünf Vereine einmal gegeneinander an, die drei besten Mannschaften spielten dann nochmals gegeneinander. Am Ende setzte sich der VfB Königsberg in einem Entscheidungsspiel gegen den Stettiner FC Titania durch, nachdem beide Vereine im Rundenturnier dieselbe Punktzahl erreicht hatten. Für Königsberg war es bereits der zehnte Meistertitel. Vizemeister wurde der FC Titania Stettin und durfte somit ebenfalls an der deutschen Fußballmeisterschaft 1928/29 teilnehmen.