Obsah GC
Obsah GC či množství GC (z anglického GC-content) je podíl guanino-cytosinového komplementárního páru (GC), typicky v rámci určité DNA. Zbylými bázemi jsou adenin (A) a thymin (T), a tak AT pár v daném genomu logicky činí zbytek do sta procent.[1] Podíl GC vazeb však standardně bývá vyšší než podíl AT vazeb.
Guanin se váže na cytosin, podobně jako adenin na thymin. Vazba mezi G a C má tři vodíkové vazby (na rozdíl od AT vazby, která má dvě), díky čemuž je GC vazba odolnější vůči vysoké teplotě.[2] Dříve se kvůli tomu mělo za to, že vyšší obsah GC mají termofilní organismy, což však bylo vyvráceno.[3]
Výpočet obsahu GC
Obsah GC se udává zejména v procentech, méně často jako poměr (tzv. G+C ratio). Výpočet obsahu GC se provádí pomocí vzorce:[4]
G+C poměr spočítáme jako:[5]
Využití
Obsah GC bází je velmi variabilní nejen na úrovni druhů, ale i v rámci jediného genomu. Některé oblasti mají vyšší obsah GC, některé nižší. Geny často mají vyšší obsah GC bází.[6]
Na úrovni jednotlivých taxonomických skupin, jako jsou například kmeny bakterií, se využívá často obsahu GC pro definici jednotlivých skupin. V systematice bakterií například kmen Actinobacteria je charakterizován jako kmen bakterií s vysokým obsahem GC.[7]
Například bakterie Streptomyces coelicolor A3(2) má obsah GC 72 %.[8], kvasinka Saccharomyces cerevisiae 38 %,[9] a rostlina huseníček rolní (Arabidopsis thaliana) 36 %.[10] Hodnoty blížící se 0 % a 100 % jsou kvůli informační povaze jednotlivých bází nereálné. Velmi nízký obsah GC má například Plasmodium falciparum, a to asi 20 %.[11][12]
Reference
V tomto článku byl použit překlad textu z článku GC-content na anglické Wikipedii.