CNOT2
Podjedinica 2 CCR4-NOT transcripcijskog kompleksa je protein koji je kod ljudi kodiran genom CNOT2.[5][6] To je podjedinica ICCR4-Not kompleksa deadenilaze.Alesi et al. (2017) navode da se gen CNOT2 nalazi na u hromosomskom segmenti hromosoma 12, 15q15, a Uehara et (2019) navode da gen CNOT2 sadrži 21 egzon.[7][8]
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 540 aminokiselina, a molekulska težina 59.738 Da.[9]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MVRTDGHTLS | EKRNYQVTNS | MFGASRKKFV | EGVDSDYHDE | NMYYSQSSMF | ||||
PHRSEKDMLA | SPSTSGQLSQ | FGASLYGQQS | ALGLPMRGMS | NNTPQLNRSL | ||||
SQGTQLPSHV | TPTTGVPTMS | LHTPPSPSRG | ILPMNPRNMM | NHSQVGQGIG | ||||
IPSRTNSMSS | SGLGSPNRSS | PSIICMPKQQ | PSRQPFTVNS | MSGFGMNRNQ | ||||
AFGMNNSLSS | NIFNGTDGSE | NVTGLDLSDF | PALADRNRRE | GSGNPTPLIN | ||||
PLAGRAPYVG | MVTKPANEQS | QDFSIHNEDF | PALPGSSYKD | PTSSNDDSKS | ||||
NLNTSGKTTS | STDGPKFPGD | KSSTTQNNNQ | QKKGIQVLPD | GRVTNIPQGM | ||||
VTDQFGMIGL | LTFIRAAETD | PGMVHLALGS | DLTTLGLNLN | SPENLYPKFA | ||||
SPWASSPCRP | QDIDFHVPSE | YLTNIHIRDK | LAAIKLGRYG | EDLLFYLYYM | ||||
NGGDVLQLLA | AVELFNRDWR | YHKEERVWIT | RAPGMEPTMK | TNTYERGTYY | ||||
FFDCLNWRKV | AKEFHLEYDK | LEERPHLPST | FNYNPAQQAF |
- Simboli
Kloniranje i ekspresija
Proteinski kompleks kvasca CCR4-NOT globalni je regulator transkripcije RNK- polimeraze II. Sastoji se djelimično od CCR4, NOT1 do NOT5 i CAF1 (također se naziva i POP2). Pretražujući baze podataka o sekvencama, Albert et al (2000) identificirali su ljudske EST-ove koji kodiraju homologe kvasca NOT1, NOT2, NOT3, NOT4 i CAF1. Sastavili su ljudsku NOT2 cDNK koja sadrži kodirajuću sekvencu cijele dužine. Izvedeni ljudski NOT2 protein od 540 aminokiselina dijeli 26% ukupnog identiteta sekvence sa proteinom NOT2 kvasca od 191 aminokiseline. U usporedbi s kvascem NOT2, ljudski NOT2 ima N-terminalni nastavak. Ljudski NOT2 sadrži N-terminal navodno bipartitni signal jedarne lokalizacije. Koristeći 2-hibridni test kvasca, pokazali su da rekombinantni ljudski NOT2 može stupiti u interakciju s kvačevim NOT1 i N-terminalnim krnjim ljudskim proteinom NOT1. Nije značajno stupio u interakciju s ljudskim NOT3 ili kvaščevim CCR4.[10]
Northern blot analiza otkrila je transkript NOT2 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, kao što su mozak, srce, pluća, jetra, bubrezi, [[tanko crijevo|tankom i debelo crijevo, te slezena, timus, leukociti periferne krvi, skeletni mišići i posteljica. Poput ekspresije ljudskih NOT1, NOT3 i CALIF, NOT2 je imao visoku razinu u mozgu, bubrezima i posteljici, a vrlo nisku u skeletnim mišićima i debelom crijevu. Otkrili su da rekombinantni ljudski NOT2 ne može nadopuniti temperaturno osjetljivi fenotip, koji mu daje mutacija kvasca not2-1.
Funkcija gena
Sessions et al. (2009) identificirali su faktore domaćina insekata potrebne za razmnožavanje virusa denga, sprovođenjem skrininga interferencijske RNK za čitav genom, u ćelijama D. melanogaster, koristeći dobro uspostavljenu 22.632 dvolančanu RNK biblioteku. Ovaj pregled identificirao je 116 kandidatskih faktora domaćina virusa denga (DVHF). Iako su neki prethodno bili povezani s flavivirusima, većina DVHF-ova je nedavno umiješana u širenje virusa denga. DVHF-i dvokrilaca imali su 82 lahko prepoznatljiva ljudska homologa i, koristeći ciljani kratki skrining interferencijske RNK, pokazali su da su 42 ljudska DVHF-a. To uključuje NPR2, SEC61B, TMEM214, TAZ, EXDL2 i CNOT2. Zaključili su da ovo preklapanje ukazuje na značajno očuvanje potrebnih faktora između dvokrilca i ljudskih domaćina.[11]
Molekulska genetika
Kod 13-godišnjeg dječaka s poremećajem intelektualnog razvoja, s nazalnim govorom, dismorfnim licem i promjenjivim skeletnim anomalijama , Alesi et al (2019) identificirali su de novo heterozigotnu 85-kb intragenskuu deleciju unutar gena CNOT2. Delecija je pronađena analizom hromosomskih mikronizova. Ispitivanje ExAC baze podataka pokazalo je da se varijante gubitka funkcije u genu CNOT2 ne toleriraju. Iako funkcionalne studije varijanti i studije ćelija pacijenata nisu provedene, sugerirali su da je za fenotip odgovorna haploinsuficijencija CNOT2.[12]
Kod šestogodišnjeg japanskog dječaka sa IDNADFS-om, Uehara et al. (2019) identificirali su de novo heterozigotnu nonsens mutaciju u genu CNOT2 (K316X). Mutacija, koja je pronađena sekvenciranjem cijelog egzoma i potvrđena Sangerovim sekvenciranjem, nije pronađena u ExAC bazi podataka niti u 2.048 kontrolnih japanskih osoba. Funkcionalne studije varijante i studije ćelija pacijenata nisu provedene, ali predviđeno je da će varijanta rezultirati nonses mutacijom posredovanim raspadom iRNK i haploinsuficijencijom.
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
- Lokacija ljudskog genoma CNOT2 i stranica sa detaljima o genu CNOT2 u UCSC Genome Browseru.