ANKRD24

Ankirin ponavljajući domen-sadržavajući protein 24 je protein koji je kod ljudi kodiran genom ANKRD24.[6] Ovaj gen je također znan i kao KIAA1981[7]. Funkcija proteina kod ljudi još uvijek nije poznata. ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži domen ankirinskog ponavljanja.

ANKRD24
Identifikatori
AliasiANKRD24
Vanjski ID-jeviMGI: 1890394 HomoloGene: 49885 GeneCards: ANKRD24
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za ANKRD24
Genomska lokacija za ANKRD24
Bend19p13.3Početak4,182,689 bp[1]
Kraj4,224,814 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 10 (miš)
Hrom.Hromosom 10 (miš)[2]
Hromosom 10 (miš)
Genomska lokacija za ANKRD24
Genomska lokacija za ANKRD24
Bend10 C1|10 39.72 cMPočetak81,464,374 bp[2]
Kraj81,483,444 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_133475
NM_001393552
NM_001393553
NM_001393555
NM_001393556

NM_001393557
NM_001393985

NM_027480
NM_001374016

RefSeq (bjelančevina)

NP_597732

NP_081756
NP_001360945

Lokacija (UCSC)Chr 19: 4.18 – 4.22 MbChr 10: 81.46 – 81.48 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš
Predviđena tercijarna struktura ANKRD24 upotrebom I-TASSER-a[5]

Gen

Lokus

Citogenetička lokacija gena ANKRD24 [8]
Susjedstvo gena ANKRD24 [9]

Gen se nalazi na hromosomu 19 na poziciji p13.3 prednjeg lanca.[10][11] Gen je dugačak 4041 parova baza i sadrži 29 egzona.[9][12] U susjedstvu je gena SIRT6, koji kodira protein sirtuin-6 i gena EBI3,koji kodira protein Epstein-Barrovog gena3 virusne indukcije.[13]

Ekspresija

Obrazac ekspresije ANKRD24 je nekarakterističan. U uslovima rasta i proliferacije ćelija, nivo ekspresije se povećava. U tumorima klice, glioma i raka prostate, ekspresja je povišena u odnosu na druga stanja bolesti. Tokom razvoja, nivo ekspresije je povišen u fazi blastocista. U odraslih je povišen nivo ekspresije u placenti, želucu, bubrezima i oku u odnosu na druga tkiva.[14] Međutim, rezultati eksperimentalnih profila ekspresije gena nisu konzistentni u odnosu na ekspresiju ANKRD24, što upućuje na redundanciju gena i njegovog proteinskog proizvoda.

iRNK

Alternativna ekspresija

Predviđeno je 13 varijanti prerade transkripata iRNK ANKRD24-a.[15]

Protein

Opća svojstva

Protein ANKRD24 dugačak je 1146 aminokiselina, ima molekulsku težinu 124 kDa i izoelektričnu tačku od 4,98.[16] Predviđa se da se sekundarna struktura sastoji od svih alfa-heliksa i da neće sadržavati ni jedan beta-list.[17] Predviđa se da će tercijarna struktura proteina biti spiralna zavojnica.

Sastav

ANKRD24 ima relativno visok sadržaj alanina (15,0%), glutaminske kiseline (13,5%) i leucina (11,0%) i relativno nizak sadržaj cisteina ( 1,5%), fenilalanina (0,7%), triptofana (0,2%) i tirozina (0,8%). Protein sadrži pozitivne klastere koji bi mogli biti signali jedarne lokalizacije. Protein nema značajnije nakupine negativnog naboja i nema značajne obrasce naboja uopće.[18]

Aminokiselinska sekvenca
1020304050
MKTLRARFKKTELRLSPTDLGSCPPCGPCPIPKPAARGRRQSQDWGKSDE
RLLQAVENNDAPRVAALIARKGLVPTKLDPEGKSAFHLAAMRGAASCLEV
MIAHGSNVMSADGAGYNALHLAAKYGHPQCLKQLLQASCVVDVVDSSGWT
ALHHAAAGGCLSCSEVLCSFKAHLNPQDRSGATPLIIAAQMCHTDLCRLL
LQQGAAANDQDLQGRTALMLACEGASPETVEVLLQGGAQPGITDALGQDA
AHYGALAGDKLILHLLQEAAQRPSPPSALTEDDSGEASSQNSMSSHGKQG
APKKRKAPPPPASIPMPDDRDAYEEIVRLRQERGRLLQKIRGLEQHKERR
QQESPEASSLHILERQVQELQQLLVERQEEKESLGREVESLQSRLSLLEN
ERENTSYDVTTLQDEEGELPDLPGAEVLLSRQLSPSAQEHLASLQEQVAV
LTRQNQELMEKVQILENFEKDETQMEVEALAEVIPLALYDSLRAEFDQLR
RQHAEALQALRQQETREVPREEGAACGESEVAGATATKNGPTHMELNGSV
APETKVNGAETIDEEAAGDETMEARTMEAEATGAEATGAEATGAKVTETK
PTGAEVREMETTEEEANMETKPTGAQATDTETTGVEAMGVEATKTKAEEA
EMQAYGVGAGQAEPPVTGTTNMEATGSRATGMESTGVSATGVENPGVEAT
VPGISAGPILHPGAAEASEKLQVELETRIRGLEEALRQREREAAAELEAA
LGKCEAAEAEAGRLRERVREAEGSGASGGGGGDTTQLRAALEQAREDLRD
RDSRLRELEAASACLDEARASRLLAEEEARGLRAELAQREEARLEQSREL
EVLREQLATARATGEQQRTAAAELGRARDAAEARVAELPAACEEARQGLA
ELREASEALRQSVVPASEHRRLQEEALELRGRAASLEQEVVATGKEAARL
RAELERERVCSVALSEHERIVGTLQANVAQLEGQLEELGRRHEKTSAEVF
QVQREALFMKSERHAAEAQLATAEQQLRGLRTEAERARQAQSRAQEALDK
AKEKDKKITELSKEVFNLKEALKEQPAALATPEVEALRDQVKDLQQQLQE
AARDHSSVVALYRSHLLYAIQGQMDEDVQRILSQILQMQRLQAQGR
Simboli

Subćelijska lokalizacija

Predviđa se da se protein ANKRD24 lokalizira u jedrima ćelija.[19]

Domeni

ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži ankirin-ponavljajućere domene. Ponavljanja ankirina poznata su po tome što ulaze u interakcije protein-protein.[20] Protein takođe sadrži dvije regije upredene zavojnice.[21]

Post-translacijska modifikacija

Predviđa se da se ANKRD24 podvrgava C-manodilaciji.[22]

Interaktivni proteini

Predviđa se da ANKRD24 stupa u interakciju s diskovima velikog homologa 4 (DLG4), faktora produženja eukariotske translacije 1-alfa 1 (EEF1A1, unc-119 homologa A (UNC119), regulatornim faktorom vremena replikacije 1 (RIF1), proteinom kinaza C i supstratom kazein-kinaza u neuronima 1 (PACSIN1), podjedinicom jedarnog faktors NF-kappa-B p105 (NFKB1), kolesti-5-en-3β, 7α-diol 3β-dehidrogenaza (HSD3B7om, homologom smrtonosnih divovskih larvi 2 (L2GL2) i glukokortikoidom induciranim 1 (GLC) CI1.[23][24][25][26] Karakterizacija ovih interakcija još nije obavljena.[27]

Homologija

Neukorijenjeno filogenetsko stablo ANKRD24 [28]

ANKRD24 nema ljudskog paraloga. Ortolognii proteini nalaze se u drugim organizmima. Sljedeća tabela predstavlja neke od ortologa pronađenih korištenjem pretraživanja u BLASTu.[29] BLAT-u.[30] Međutim, ovaj popis nije konačan za ortologe ANKRD24 i namijenjen je samo prikazivanju široke raznolikosti vrsta za koje se mogu naći ortolozi ANKRD24.

Rod vrsteUobičajeno imeDatiranjedivergencije (milioni godina)[31]Pristup nukleotidimaPristup proteinimaDužina sekvence (bp)Dužina sekvence (aa)E-vrijednostIdentitet sekvence (%)Sličnost sekvence (%)
1 Homo sapiensLjudi0NM_133475.1NP_597732.140411146100100
2Nomascus leucogenysSjeverni bjeloobrazni gibon19,9XM_012503370.1XP_012358824.13675116509596
3Otolemur garnettiiMalouhi galago75,9XM_012804592.1XP_012660046.14181103508387
4Trichechus manatus latirostrisFloridski manati105XM_004378459.1]3354111708186
5Eptesicus fuscusVeliki smeđi šišmiš97,5XM_008150610.1XP_008148832.13369112208084
6Ailuropoda melanoleucaGigantska panda97,5XM_002928471.2XP_002928517.13729111608084
7Loxodonta africanaAfrički savanski slon105XM_003421925.2XP_003421973.14049134507985
8Octodon degusDegu90,9XM_004632746.1XP_004632803.13381112607984
9Chrysochloris asiaticaBjelokapa krtica105XM_006869037.1XP_006869099.13747124807885
10Orcinus orcaKit-ubica97,5XM_004277648.2XP_004277696.13482107907782
11Chelonia mydasZelena morska kornjača320,5XM_007072230.1XP_007072292305110169.00E-1786377
12Ficedula albicollisOgrličasta muholovka320,5XM_005060250.1XP_00506030718856212.00E-1716074
13Gekko japonicusJapanski gekon320,5XM_015410656.1XP_015266142305710193.00E-1755875
14Python bivittatusBurmanski piton320,5XM_007434390XP_007434452319210631.00E-1675875
15Falco cherrugStepski soko320,5XM_014277718.1XP_014133193143147605771
16Stegastes partitusDvobojna samodopadnica429,6XM_008295305.1XP_008293527.1362910952.00E-904155
17Trichomonas vaginalis G3Trichomonas vaginalis2040XM_001329224.1XP_0013292597742572.00E-243454
18Ciona intestinalisVazasta tunikata733XM_009863371.1XP_00986167331569569.00E-243248
19Talaromyces stipitatusGljiva1302,5XM_002486774.1XP_002486819.1321610713.00E-183251
20Cryptococcus neoformansKvasac1302,5XM_012197089.1XP_012052479.19432363.00E-163251

Reference