1 Мачът е прекратен в 51-вата минута при резултат 1:2 за Легия Варшава, след като играч на поляците е уцелен в главата с камък от публиката. УЕФА присъжда служебна победа с 0:3 за Легия.
Плейоф
Жребия за плейофите се тегли на 7 август 2015 г. Първите мачове са на 20 август, а реваншите на 27 август 2015 г.
Жребият се проведе в Монако на 28 август 2015. 48-те отбора са разделени в 4 урни в зависимост от коефициентите им в класацията на УЕФА. Отборите са разделени в 12 групи по 4 отбора, като два отбора от една държава не може да се паднат в една група.
В групата отборите играят на принципа всеки-срещу-всеки на разменено гостуване. Мачовете се играят на 17 септември, 1 октомври, 22 октомври, 5 ноември, 26 ноември и 10 декември 2015 г.
Основна статия: Директни елиминации на Лига Европа 2015/16
Шестнайсетинафинал
Победителите в групите и завършилите на второ място продължават в следващата фаза, докато отборите на трето и четвърто място прекратяват своето участие. Към тези 24 отбора се присъединяват 8 отбора, завършили на 3-то място в групите на Шампионска лига 2015/16. По този начин 32 отбора участват във фазата на директните елиминации. За шестнайсетинафиналите поставени са 12 победителя от групите, както и 4 най-добри отбори, идващи от Шампионската лига, като нова среща между отбори играли вече помежду си в групите е изключена. Отделно два отбора от една федерация не могат да се срещат. Жребият ще се тегли на 14 декември 2015 г. в Нион, а мачовете са на 18 и 25 февруари 2016 г.
От 1/8 финалите няма списъци с поставени и непоставени отбори. Тегли се по системата „всеки срещу всеки“, като първият изтеглен отбор е домакин в първата среща. Жребият бе на 26 февруари 2016 г. в Нион, а мачовете на 10 и 17 март 2016 г.