У XII стагоддзі ў раёне сучаснага Нючэпінга былі ўзведзены дзве каменныя абарончыя вежы. Мяркуецца, што ўжо ў гэты час ён быў важным гандлёвым месцам [2]. Першыя згадкі Нючэпінгу належаць аднак, да 1230 года — на мясцовай манеце, знойдзенай у 1961 г., на якой выбіта назва «NVCOPIE». Прыкладна ў гэты час быў пабудаваны і Нючэпінскі замак (дакладная дата, аднак, невядома). У самым пачатку XIV стагоддзя ў ім знаходзіўся палонены Вальдэмар Біргерсан, які там і памёр у 1302 годзе. У 1317 г. у замку меў месца г.зв. Нючэпінскі пір, на які кароль Біргер запрасіў сваіх братоў герцагаў Эрыка Магнусана і Вальдэмара Магнусана, пасля чаго арыштаваў іх і кінуў за краты. 20 верасня1396 г. у Нючэпінскім замку была падпісана г.зв. Нючэпінская рэцэсія, якая стала падмуркам для заключэння Кальмарскай уніі.
У XIX — пачатку XX стагоддзя ў горадзе працягвалася развіццё прамысловасці і рост насельніцтва (4784 чалавекі ў 1860 г., 9810 у 1910 г.). З 1941 да 1980 г. у горадзе была размешчана Сёдэрманландская паветраная флатылія. У 2010—2011 у квартале Окрукен праводзіліся археалагічныя раскопкі.